组织机构
联邦安全总局为部级单位。《俄罗斯联邦安全总局条例》规定，联邦安全局机构是一个统一集中的体系，它包括：俄罗斯联邦安全总局；按俄罗斯联邦地区和主体设俄罗斯联邦安全管理局（处）（地方安全机构）；在俄罗斯联邦武装力量、部队和其它军事组织中，以及在它们的管理机构中设俄罗斯联邦安全局管理局（处）。
俄罗斯联邦安全局中央机关是俄罗斯联邦安全总局的领导班子和直属机构组成。最高决策层是由一名局长、两名第一副局长（其中一名兼任边防局局长）、两名副局长等5人组成的局务委员会。俄罗斯联邦总统依法领导联邦安全局的工作，批准联邦安全局条例、联邦安全局机构组成，任命联邦安全局局长。联邦安全局局长的职务具有与军队将军相应的军衔。政府依照法律及总统的命令和指示，协调联邦安全局与联邦国家权力机关的工作。联邦安全局的活动必须遵循遵守法律、尊重公民的权利和自由、保守秘密、公开与秘密活动方式相结合等基本原则。局务委员会对有关联邦安全局机关活动的重要问题进行讨论并作出决定，局务委员会的决议由多数成员表决通过。当局长和局务委员会发生分歧时，局长在执行决议的同时，将分歧报告给总统。局务委员会成员同样可将自己的意见向总统报告。
主要部分
联邦安全局拥有司、独立局及其他分支机构，包括地方、军队的安全机关、专业培训中心、特殊机关、企业和组织。联邦安全局是法人，拥有真名、化名、印章、刊物，在银行和其他信用机构中有账户（含外汇账户）。联邦安全局的内设机构有十几个司局级单位，主要是反间谍局，反恐怖局，经济安全局，分析、预测和战略规划局，军事反间谍局，宪法保卫局，侦察局，本部安全局，行动保障局，总务局，条约法律局，组织人事局，军事动员局。联邦安全局工作人员既有军人（现役编制4000人），又有文职人员。
相关资料显示，俄罗斯联邦安全局的总编制为30万人，其组织规模和地位都直逼昔日“克格勃”，特别是其下辖的“阿尔法”和“信号旗”特种部队在反恐作战中屡建奇功，更使联邦安全局声明鹊起。联邦安全总局在收编联邦边防总局后，原联邦边防总局的六个边防军区（西北边防区、高加索特区边防区、后贝加尔边防区、远东边防区、太平洋边防区、东北边防区），三个边防军集群（驻地分别为沃罗涅日市、加里宁格勒市、塔吉克斯坦），北极独立边防支队、“莫斯科”边防监督独立支队和数个战役集群等全部由联邦安全局管辖。这样，联邦安全局在履行保卫国家边界职责的同时，其打击间谍活动、跨国犯罪、非法移民、毒品和军火走私等方面的能力大大提升。
其它部门
反情报安全部门
军事反情报理事会经济安全部门 反恐怖主义与维护宪法系统安全部门 恐怖主义与极端政治控制安全理事会行动资讯与国际情势安全部门（情势分析、情势预测、战略策划）人事与认证部门 行动供应部门 国境守卫安全部门 控制安全部门 检验理事会内部 安全理事会化学工程安全部门 研究调查理事会
历任局长
俄罗斯联邦安全局首任局长：帕特鲁舍夫·尼古拉·波拉丹诺维奇大将
1951年7月11日生于列宁格勒；
1974年毕业于列宁格勒船舶制造学院，毕业后在本学院的一个教研室任工程师；
帕特鲁舍夫·尼古拉·波拉丹诺维奇大将
1974年开始在国家安全机关工作；从苏联部长会议国家安全委员会（克格勃）高等学校培训班毕业后，在苏联国家安全委员会列宁格勒州管理局反间谍部门工作；
1992年被任命为苏联卡累利阿自治共和国安全部部长；从1994年至1998年在俄罗斯联邦反间谍局和联邦安全局管理局任各种领导职务；
1998年被任命为俄罗斯联邦总统办公厅副主任兼俄罗斯联邦总统监察局局长；
1998年10月任俄罗斯联邦安全局副局长兼经济安全局局长；
1999年任俄罗斯联邦安全局第一副局长；
1999年8月9日根据俄罗斯联邦总统令被任命为俄罗斯联邦安全局局长；
大将军衔，法学博士，俄罗斯英雄。
2008年5月12日俄罗斯总统梅德韦杰夫签署总统令任命原联邦安全局副局长巴尔特尼科夫为联邦安全局局长，原联邦安全局局长帕特鲁舍夫改任联邦安全会议秘书。
俄罗斯联邦安全局现任局长：巴尔特尼科夫·亚历山大·瓦西里耶维奇大将
1951年11月15日出生于别尔姆市；
1973年毕业于列宁格勒铁路运输学院；
1975年毕业于苏联“克格勃”莫斯科高等学校；
1975年开始在国家安全机关工作；曾任俄罗斯联邦安全局圣彼得堡市和列宁格勒州管理局副局长，负责反间谍工作；
2003年6月任俄罗斯联邦安全局圣彼得堡市和列宁格勒州管理局局长；
2004年2月被任命为俄罗斯联邦安全局副局长兼联邦安全局经济安全局局长；
2006年被授予大将军衔；
2008年5月12日被任命为俄罗斯联邦安全局局长；
2008年5月12日同时被任命为俄罗斯联邦安全会议常务委员；
大将军衔，已婚，有一个儿子。
