毛在文革初期对军队的领导机构做了精心的布局，1966年初，毛命令叶剑英取代罗瑞卿担任军委秘书长，叶剑英担任此职一直到1967年3月。此时发生全国夺权、军队“支左”及“二月逆流”，军委机构名存实亡，由各大军区各自为政，北京只有一个由杨成武的总参的班子负责备战工作。1967年夏，毛去南方，江青、林彪、叶群建议成立“军委看守小组”，8月7日经毛批准，确定吴法宪为组长，而叶群实际上是“军委看守小组”的灵魂人物。9月23日，毛回到北京，提名杨成武参加“看守小组”，改名为“军委办事组”，由杨任组长。1968年3月，“杨、余、傅事件”爆发，“军委办事组”改组，由黄永胜负责，叶群等为成员，叶群几乎不参加办事组的会议，但在其中仍起关键作用。毛了解叶群在军委办事组的角色，叶群参加军委办事组是毛的意见。毛对叶群揽权没加以制止，是把叶群当林彪的替身看待的。
中共革命是以男性为中心的，叶群只是军队的一个上校，因为是林彪的妻子，就可以参加军队最高领导机构的工作，这是十分反常的。然而在毛时代，特别是在文革中的1966至1971年的特殊时期，“高干夫人”深度参与政治，却是常见现象。因为，革命不分性别，而且出于保密的需要，首长夫人被认为政治可靠，于是从江青开始，到省级军政领导人，担任丈夫秘书的夫人比比皆是。由高干夫人担任丈夫的秘书或办公室主任的制度为高干夫人干预政治大开方便之门，其中分寸，全靠首长掌握。此制度在文革前还是局部现象（王光美一度跃入政治前台是一特例且造成严重后果），有刘、邓、彭真以党纪加以控制，但到了文革时期，特别是在1967初实行全国军管之后已失控，军队中大军区级以上的高干夫人参政已非个别现象。毛为甚么不加干预？
可能的原因是：毛让江青出山，委以重任，就不好再批评下属让夫人做办公室主任，林彪身体不好是事实，只能让叶群代林彪参加会议，而叶群善于察言观色，很会说话，使毛对叶群一向不反感，曾被毛称许为“八级泥瓦匠”。而且女性参政是可控的，其性质都是首长的附属物，好坏都拿丈夫是问，或鸡犬升天，或一起下油锅。
四、九大是林彪由盛而衰的转折点
1969年4月召开中共九大，毛论功行赏，破天荒的把林彪的接班人地位写进党章，在九届一中全会上又安排林的部下黄、吴、叶、李、邱进入政治局，军委办事组也主要由林的几个部下组成，周恩来、康生还以党的元老的身份在九大发言，表态拥护林的接班人地位。
毛为甚么要把林彪的接班人地位写进党章？林彪对此是推辞的，在八届十二中全会的讲话中，他对新党章草案把他的接班人地位写进去一事，表示“很不安，很不安”。而毛是在江青等人一再坚持下，“考虑了一个晚上”才同意的。显然，毛不会是因为江青的建议，就作出如此重大决定，毛一定有自己的考虑，欲将取之，必先予之？无法猜测，但仍有迹可寻：在九大开幕式上，毛故意提名林彪为大会主席团主席，加以试探，林彪迅即反应，高呼“毛主席当主席”。4月14日，周恩来在大会发言，称林彪是井冈山会师的“光荣代表”，林彪迅即打断周的讲话，流泪颂毛。然而毛还是在九届一中全会上，引用苏联人批评中国为“军事官僚体制”的一番话，来曲折表达对林彪的军系力量膨胀的担忧。毛把许世友、陈锡联拉进政治局，还提拔李德生，使之也进入政治局，以图对林彪加以制衡。毛对大军区第一把手的任用极为用心，对这一级军队领导，林没有任何用人权。
九大后，毛开始逐渐压抑林彪的军系势力，手法之一就是对个人崇拜降温，此举直指个人崇拜的吹鼓手林彪。1969年6月，他在武汉多次批评对他个人的形式主义的吹捧，还当着工作人员的面说，“四个伟大太讨厌！”。以后，“毛泽东交代周恩来把人民大会堂所挂的语录牌统统摘下来。当周照办以后，毛还故意当着林彪的面说：这些王八蛋的东西没有了”。
毛的手法之二是刻意扶植张春桥，以牵制、刺激、打击林彪。九大后（一说是1970年4月底），毛曾带着张春桥等到苏州看望林彪，毛泽东在谈话中先是说总理年龄大了，问他对周恩来的接班人有甚么考虑，然后话锋一转，问林彪：我年纪大了，你身体也不好，你以后准备把班交给谁？见林彪不吭声，毛又追问：你看小张（指张春桥）怎么样？至此，林彪开始担心自己的“接班人”地位将不保。
林彪此时已知道毛有废储之心，却未能避开毛的锋芒，林彪在九大期间的重大失误是让叶群也进入政治局而没有坚决加以制止。在九大后的一段时间里，林彪开始飘飘然了，从而暴露出他政治上极其幼稚的一面：1969年10月，林彪将其子林立果在军内搞科技发明的报告上报给毛，得到毛的嘉勉，毛还专门接见了林立果，竟使得林彪忘乎所以，趁势把林立果隆重推出，而他明明知道毛岸英的逝世对毛造成巨大打击，毛仅有的一个儿子身体又非常不好。1970年7月23日，林彪带着林立果前往国防科委一军工厂视察，林彪居中，林立果和黄永胜随侍左右，吴法宪、李作鹏、邱会作等众将领尾随其后，接受军队的夹道欢迎。7月31日，林立果又在空军作“讲用”报告，用林彪原先准备九大政治报告的材料作“底料”，从“中国一定要强盛”，讲到“社会主义的政治和经济”，大话炎炎，讲了七小时，小册子在军内广为流传，空军上下都在吹捧林立果为“超天才”，林彪不加制止，反而加以鼓励。有资料说，毛知道后“非常不高兴”，在私下对江青、康生、张春桥说，我还没死呢，林彪同志身体不好，有点迫不及待地准备自己的接班人了。
