第二阶段：
１９８５—１９９１年
农村改革的成功和生产效率的提高，把农村改革引向调整农村产业结构和改革外部环境的更高层次。随着农村基本经营制度的全面确立，农村第二步改革进入了全面探索市场化改革的阶段，改革重心放在改革农产品流通体制、培育农产品市场、调整农村产业结构和促进非农企业发展等重要方面。因此，第二阶段可以看成是农村改革迈向市场化的阶段。
从１９７９年开始，国家逐步减少农副产品的统派购种类。到１９８５年，国家对农产品的统派购制度进行全面改革，实现“双轨制”。取消了粮食、棉花的统购，将其改为合同定购。定购的粮食，国家确定按“倒三七”比例计价。定购以外的粮食可以自由上市。对于其他各类农产品，实行价格放开，由市场供求调节。为了保护和鼓励农民生产和交售粮食的积极性，１９８６年进一步提出，适当减少合同定购数量，扩大市场议价收购比重。在改革农产品购销体制的同时，以１９９０年１０月中央在郑州建立小麦批发市场为标志，９个区域性批发市场和一批各种类型的较为规范的农贸市场在全国各地得到长足发展，为最终取代主要农产品的计划调拨创造了物质基础和制度条件。
在调整农村产业结构上，国家一方面积极鼓励发展多种经营，优化种植业结构，促进农林牧渔全面发展；另一方面鼓励农民从事工商业等非农产业活动和发展乡镇企业。这些措施不仅促进了乡镇企业在２０世纪８０年代中期的异军突起，而且促进了农村经济从传统的农业单一结构转向多部门的综合发展。在农业总产值构成中，１９９１年比１９７８年，种植业比重下降了１６．９个百分点，林业、牧业和渔业分别上升了１．１、１１．５、４．３个百分点。在农村社会总产值中，１９９１年比１９７８年，农业比重下降了２７个百分点，工业比重上升了２５个百分点。农业生产结构变动和农村产业结构变动在这个阶段都快于农村改革的第一阶段。
通过这一时期的改革，市场机制逐渐被引入到农业和农村经济之中，并发挥了越来越重要的作用，为农业和农村经济全面向市场经济过渡奠定了基础。但是，在深化和拓宽改革领域的过程中，也遇到了一些始料未及的复杂情况，并引起了种种不协调的现象：价格放开后出现了农产品市场价格的剧烈波动，引起生产者和消费者的普遍不安，粮食产量一度下滑，粮食购销体制未达到预期目标，又从合同订购退回到实际上的统购；乡镇企业迅猛发展出现了与城镇工业争原料、争能源和争产品等情况；农民进入非农产业领域的摩擦加剧等问题。为了遏制通货膨胀，我国在１９８８年提出了治理整顿的方针。
在三年治理整顿期间，由于受资金紧缩、市场疲软等宏观背景和一些行政措施的影响，农村产业结构调整，尤其是乡镇企业发展受到抑制，农民收入出现改革以来的首次徘徊，甚至出现了负增长，农村贫困人口数量也有所上升，这些问题随着农村改革进入第三阶段和经济高速增长的到来被全面缓解。
