而与之相对应的是日本媒体纷纷猜测中国国家安全委员会设立是针对钓鱼岛甚至是针对日本，在13日的外交部例行记者会上，就有记者会问发言人秦刚，中方设立该机构是有人说是因为日本也将设立“日本版国安会”，秦刚回应称中国设立国家安全委员会，恐怖分子紧张了，分裂分子紧张了，极端分子紧张了。
总之，那些企图威胁和破坏中国国家安全的势力紧张了。最后秦刚反问记者是不是想拿日本对号入座呢？从日本近期的言行来看，日本对号入座完全是属于“企图威胁和破坏中国国家安全的势力”，日本会紧张也是情有可原的。
中日两国先后设立该机构，日本是公开指明针对中国，而中国则是暗示日本威胁破坏中国国家安全，随着更高级别机构设立，中日两国在国家安全领域的斗争将会加剧，未来将不会是一部一船的争斗，而将是一国国家意志的争斗。而且对于新机构对中日局势的研判将直接决定中日是否会走向战争。日本不久前就宣称要击落进入钓鱼岛日本“领空”的中国无人机，中方直斥如果无人机被击落将是战争行为，而后日本防卫相又表示中日关系进入不战不和的灰色地带。日本这些挑衅行为都说明中日在海洋之上的争斗将会是步步紧逼式的，双方都在试探对方的最底线。
未来中国对日本挑衅的行为将会从更加战略的高度进行研判，而对日政策也将会考虑采取综合的办法处理。而国家安全委员会理所应当地承担这项任务。
有分析认为， 对于日本战略目的的研究需要外交部门提供外交信息，也需要军事部门提供军事信息，同样也需要情报部门提供情报信息，而如果一旦决定对日动武，国内的相关部门也需要做好动员工作。有一个综合的协调机构就可以避免判断失误而误入日本人挑衅的圈套。国家安全委员会的设立不会让局势立马好转，相反是局势更为紧张的结果，正因为局势更为紧张，才需要国安委作决策咨询。
