因此，穆巴拉克当局一度放松了对兄弟会的限制。2005年埃及大选中，以独立候选人名义参选的兄弟会候选人一举夺下全部454个议席中的88个，占20%，而世俗民主派反对党加起来也只得到14个。兄弟会转入议会活动后，努力淡化宗教色彩，把“废除紧急状态法”和“追求真正民主化”当做公开诉求，一度让国内外刮目相看。《纽约时报》当年有记者撰文呼吁“不要用老眼光看人”，称赞兄弟会的表现“合乎一个民主化反对党的要求”。

　　但兄弟会很快就用行动表明，它仍是个原教旨组织：2006年12月，兄弟会政治家接连就学生校服、小说创作等问题上向“世俗自由主义”发难，兄弟会议员德亚比（JameelTheyabi）提出成立“道德规范警察”以纠正“不合教规行为”，禁止出版“亵渎神明小说”，规定总统只能由穆斯林男子出任，以及公开宣布“女人不适合当总统”等，引发国内外激烈争议。一度对兄弟会表现出一定兴趣的美国，也因兄弟会中多名要员宣称反对埃以和约，扬言一旦兄弟会上台，便废除这个条约，而开始对其持警惕、疏远态度。

　　尼罗河革命的最大受益者

　　去年开始的“尼罗河革命”，兄弟会一开始保持低调，但当穆巴拉克和“广场派”剑拔弩张，对抗处于胜负关键时刻，兄弟会登高一呼，原本规模有限的反政府示威便迅速成为人数众多、规模浩大的群众性运动，而关键时刻兄弟会与老对手——军方迅速达成妥协，让“倒穆”成为现实，被公认为“倒穆两大主推手之一”。

　　在此后风云跌宕的政治过渡期内，兄弟会表现出长袖善舞、务实谨慎的政治风格。

　　他们既没有和军方结成更紧密的同盟，从而让“另一个穆巴拉克”上台执政，让埃及出现第四位军人总统，也没有一味支持“广场派”和自由派让军方“先交权、后过渡”的要求，而是时而站到广场，推军方向前走，时而又迅速和军方达成妥协，在各个选举节点积极参选，把尴尬的“民主派”孤零零晾在广场上。他们审时度势，在过渡期曾先后作出“不参选”、“不入阁”、“不争取总统职位”等承诺，但在条件成熟后便迅速食言，非但参加选举，而且当埃及选举委员会今年4月突然取消FJP原定候选人海拉特 沙特（KhairatShater）的资格后，兄弟会立即推出穆尔西这个“备胎”顶替，并最终获得胜选。

　　胜选后的兄弟会同样表现得既灵活又谨慎：尽管不再说“科普特基督徒当总统也无所谓”，但穆尔西等人仍明确宣布“反对教法治国”，兄弟会上层领袖马哈茂德 伊扎特（MahmoudIzzat）反对更原教旨的萨拉菲光明党“什叶派是魔鬼”提法，主张既不要夸大、也不要忽视伊朗威胁：“我们不干涉伊朗内政，伊朗也别干涉我们内政。”穆尔西则将借出席不结盟首脑峰会之机，实现历史上埃及总统对伊朗伊斯兰共和国的第一次访问。

　　尽管在多次试探后，穆尔西以总统令形式促使军方第一、二号人物坦塔维元帅、安南将军退休，让军方在立宪前享有司法决断权的修正案提前寿终正寝，但并未插手军方在防务、国家安全等领域的“自留地”，两名退休人物也立即被聘为“总统特别顾问”，兄弟会和军官团“两驾马车”的态势并无根本性变化。尽管埃及国内废除埃以和约呼声甚高，有影响的教士西加兹甚至指明要求穆尔西“支持收复耶路撒冷”，但穆尔西在就职仪式上仍强调“埃及信守一切国际条约”。