当时并非所有独立运动组织都赞成兄弟会的主张。在20世纪前半叶，各种政治思潮风起云涌，埃及也不例外。有些组织推崇世俗民主，有些希望回到教法治国的《古兰经》时代，有的却主张实行社会主义；有些组织主张合法斗争以争取独立，有的却主张武装斗争；在主张原教旨的派别里，也有温和派和强硬派之分；主张武装斗争的派别中，有的认为应该“堂堂正正”、“真刀真枪”，有的却主张“不择手段”。

　　兄弟会属于温和原教旨主义，因此一度不为英国殖民当局所瞩目，一开始并未遭到重点打压。

　　1948年11月，由于一次爆炸计划被破获，32名兄弟会领袖被英埃当局逮捕，兄弟会第一次被宣布为非法组织，并遭到强行解散。作为报复，兄弟会成员、兽医学校学生哈桑刺杀了总理诺克拉西，兄弟会就此倒向革命派。此时的兄弟会在埃及已经拥有分支2000个以上，他们的加盟令革命派声势大振。

　　1952年，军官纳赛尔发动革命，推翻法鲁克王朝，兄弟会站在纳赛尔一边支持了革命。在此期间，兄弟会最出名的“革命壮举”，是焚毁了开罗市中心的“750大厦”，当时这座大厦云集夜总会、电影院、西餐厅等欧洲人和英国殖民者常去的地方。“750事件”因此被埃及人视作“反帝反殖壮举”，兄弟会因此加分不少。

　　但此后兄弟会试图扩大影响，引来纳赛尔和军官团的不满，双方矛盾激化。1954年，政府宣称，兄弟会试图刺杀纳赛尔，并宣称破获了一系列“恐怖爆炸未遂案件”，随即宣布取缔兄弟会。此后直至1970年，埃及政府一直严厉镇压兄弟会，并极力推动埃及社会的世俗化。

　　上世纪70年代，萨达特取代纳赛尔后，兄弟会第三代领导人迪尔米萨尼（Umaral-Tilmisani）提出“放弃暴力和恐怖主义”，将公开政治目标修正为“恢复兄弟会在埃及政治生活中的参与权”，但在萨达特时代，并未获得政府多少回应。

　　1981年10月，萨达特遇刺身亡，穆巴拉克继任，他上台后，兄弟会第五任领袖马什胡尔（MustafaMashhur）逐步推动兄弟会政党化，公开表示放弃暴力，谴责“9.11”恐怖袭击，表示和“埃及伊斯兰圣战者组织”及其后台基地组织划清界限，并多次宣称“恐怖主义是穆斯林的敌人”，同时，他们强化了传统的基层社会福利色彩，吸引了许多新一代贫民、青年的参与，影响力进一步扩大。