借助于亚洲国家恢复传统宗教文化的东风，世佛联曾一度繁荣兴旺。50年代世界佛教的一些重要活动，如1954-1956年缅甸佛教第6次结集三藏会议，1956年印度纪念佛陀2500周年盛会等都和世佛联有着直接的联系。60年代以后，由于受到了政治等因素的影响，世佛联的活动受到挫折。1958年世佛联总部迁至缅甸仰光，当时的缅甸吴努总理借此机会在1960年宣布佛教为国教，但是后来由于国内克伦族的骚乱和克欣族与掸族人之间的冲突，1962年奈温将军执政，重申政教分离的原则，形式上取消佛教独尊的地位。世佛联总部活动受到影响，不能正常开展工作，当时很多国家都纷纷表示愿意将总部迁入本国，甚至连苏联也表示同意世佛联总部迁到莫斯科，最后经大会秘书处决定，1963 年9月总部迁往泰国。1961年金边会议时，世佛联的主要成员泰国竟只派一名代表参加，而1964年的鹿野苑大会缅甸佛教代表团因得不到政府的批准，乃至最后未能参加会议。
1954年仰光会议时曾向中国佛教协会发出邀请，后因故未能参加。二年后在加德满都会议时，中国佛教代表团出席了第四届大会，喜饶嘉措当选为世佛联副主席。这次大会强调“在中国地区内，世界佛教徒联谊会中心，只有一个，设在北京”的原则，并决定北京是中国在世佛联里的唯一地区中心。1958年以后世佛联某些成员组织不顾第四届大会的决议，肆意进行敌视中国的活动。第五届大会上，利用中国没派代表出席的情况下，又不顾柬埔寨、老挝、巴基斯坦、朝鲜、越南等国代表的反对，非法接纳台湾“中国佛教会”为地区中心。为此，中国代表在第六届金边会议上曾提出严正抗议，要求撤销上届大会的错误决定，但遭到无理否决，中国代表团立即退场，并举行记者招待会昭示于天下。此后至1984年为止，中国佛教协会中止了与世佛联的任何联系。[2]当时的世佛联正如有人评论说：“世佛联像一个生病的孩子，它的前途与未来可能很凄凉，如果不抢救的话，它可能就会死亡”。[3]
