BOT工程变成钓鱼工程
当初“台湾高铁联盟”之所以能拿下项目，最主要的理由就是他们提出：台当局可以真正“零出资”，不但工程开工后的经费全由公司自筹，而且在高铁投入营运后，还可以分期将台当局先前支付的1057亿元新台币前期费用予以“回馈”。不花一分钱就可以建好高铁，这份诱惑确实很吸引人。可是在拿下项目正式签约后，台湾高铁公司的五大发起行股东（分别为台湾大陆工程、富邦、太电、长荣和东元电机财团）就对出资义务拖拖拉拉，一直不肯认真履行。
按原来的规定，台湾高铁项目的自有资金应该达到1200亿新台币，其中五大发起人股东不应该少于40%。而台湾高铁公司的额定资本金为500亿元新台币，但由于发起人股东们全都极力寻找合同和法律中的漏洞，当时实际到位的却只有125亿元新台币。直到台高铁正式投入运营时，到位的资本金也只有1051亿元新台币，其中五大发起人股东更只占到了18.5%左右，即使加上关联企业等的出资，实际投资也不到300亿元新台币。
为了填补空缺，已经骑虎难下的台当局不得不一再指使台糖、“中华电信”、“中钢”、中技社财团、航空发展基金会以及“行政院开发基金”等官营企业和基金直接注资。结果到开通营运时，台公营企业持有的台湾高铁公司股份比例至少超过了35%，远远超过BOT项目中公营企业不得超过20%的规定，在前10大股东中有5个是公营企业，在前4大股东中更已经占据3席。
由于民间纷纷不看好怪状百出的台湾高铁公司，使它几乎在市场上求贷无门，结果最后也不得不由台当局出面组织了以公营金融机构为核心的银行团，并以全额担保的方式，为工程筹集了3233亿元新台币的贷款。但是由于资金来源过于倚重贷款，台湾高铁从最初就背上了沉重的债务负担，开始营运时资产负债率已经超过80%，为走到今天的处境埋下了深深的伏笔。
只有发起人股东们成了大赢家。由于掌握着公司运营权，又和当时的台湾当局关系亲密，五家原始大股东都在台湾高铁项目中分到了大量利润丰厚的业务承包合同，仅据公开信息它们就接到了价值800多亿元新台币的分包，相当于其实际出资额的三倍，而根据台“监察院”的不完全调查，这几家大股东及其关联企业承揽的实际合同金额可能超过2000亿元新台币，净利可达数百亿元。而根据BOT合同的约定，如果最后高铁公司破产，台当局还必须赔偿投资人的损失，其实免除了它们的风险。事实已经无需争辩，台湾高铁的BOT协议只是看上去很美。