日本殖民统治肯定论的目的是切割两岸
至于利用近代台湾遭日本殖民统治五十年曾经与母体中国大陆分离的两岸历史记忆断裂，台湾分离主义者论述核心之一的“日本殖民统治肯定论”，其目的是切断两岸的历史连结。其主政者明言“在台湾逐渐形成‘国家’意识，迈向建立‘新国家’的时刻，日本统治时代台湾史正是型塑这股力量的源头。检视这段历史也正是建立台湾观点重要的基础”。因此，“台独”对日据历史的论述，居然肯定马关条约是台湾命运的转折点，透过日本帝国统治，台湾展开近代化的发展，颂扬日本殖民政府在台湾办大学，引进现代教育等，好似厚我台民良多。
事实上，日本殖民政府对台湾人民的屠杀、压榨和歧视，罄竹难书，但无可讳言，从技术层面来说，日据时期正逢人类工业革命后的近代建设时期，故日人在台湾亦有所建设，但其本质是残酷掠夺与压榨。因时间有限，在此仅举例一二。以纵贯铁路为例，日人于1895年侵台，当时中国已修建基隆—新竹段的97公里铁路，并且已经营业。日本人是自1899年5月起，自南北两端同时动工，1908年完成基隆至高雄的纵贯铁路，前后历时九年；但在1897-1902年六年间残酷镇压各地的武装抗日事件中，遭日本殖民政府杀害者总计至少超过二万人（当时台湾人口仅约260万人）。
在教育方面，日人更是在小学、中学、高中与大学各阶段，均实行二元化的极端歧视政策。“台独”只颂扬日本人在台湾设立大学，但却不提日人歧视台湾人的程度。日据时期台湾只有一所大学，就是1928年成立的台北帝国大学。1943年时台湾唯一一所的大学-台北帝国大学-学生总数共454人、其中日本人384人、台湾人69人（64名学医），但当时日本人仅占台湾居民总人口的6%，台湾人占台湾总人口的94%，却只享有15.2%的大学教育受教权，台湾人被日本殖民者歧视到这种程度，稍有良知的台湾人不可能会亲日。
日据时期，日本人在台湾是以近代国家机器，从初期的血腥诛杀，及中后期经由法律、警政、行政、金融、新闻管制与军宪威慑等公权力，结合引进之巨额资本与先进技术，构成严密的殖民地剥削体系，强夺豪取压榨台湾，为殖民母国日本攫取天大利益。整个日据时期，日本殖民政府与其统治之台湾人民间的关系，就是屠杀与被屠杀、压迫与被压迫、歧视与被歧视的血泪殖民关系。
因此，整个日据五十年，台湾人从未终止抗日，只是前期是从事武装抗日，后期转为非武装抗日，也就是从事在日人法律范围内的公开政治运动。后者，台湾菁英林献堂推动“台湾议会设置请愿运动”，蒋渭水则成立“台湾文化协会”，尤其是后者所谓推动发达台湾文化，其本质就是保存中华文化，日本人怎么会不懂？
皇民化的日本国认同改造
1937年7月7日爆发芦沟桥事件，此时日本统治台湾已经四十年了，台湾社会不但基本上仍然是一个中国化的社会，台湾人也仍然视中国为祖国，日本人不可能永远容忍台湾人视中国为祖国。因此，在日本殖民统治台湾的最后八年，日本殖民当局在台湾发动翻天覆地的“皇民化运动”，其目标即摧毁台湾民众的中国民族意识，改变台湾民众的国族认同，将台湾人同化为日本人的思想改造运动。
但是，1945年8月15日，日本投降，台湾同胞是自北而南，全岛热烈庆祝台湾回归祖国。是年除夕，即使在台湾最南端高雄州阿猴平原稍微靠山的潮州地方，家家户户扬弃日本式的庆祝新年方式，自动自发地改成以贴上中国式的红纸联，上面写的是“还我河山，祝台湾光复”。日本人寺奥德三郎就感叹，日本在台湾开拓五十年之文化，已在一夕间化为昨日之梦，全岛各地连这样的乡下地方，都在讴歌复归祖国，令在台湾的日本人有隔世之感。
李登辉的人生是走过台湾光复、台湾民众如此认同祖国的历史见证者，所以他当然了解，如果要实现台湾“独立”，则其前提条件是要建构台湾民众对“台独”的认同。因此，李登辉反覆强调要重视台湾的认同问题，并称“台湾的认同是极其复杂的问题，并不是建立‘台湾共和国’或宣布‘独立’，就能解决的”“究竟是认同中国，还是认同台湾的族群问题，也必须厘清解决”。
