林峰正认为，合适的做法是，在研判关说案属于行政违法后，应当先提交“法务部”，再由“法务部”向“行政院”报告；是否移送“监察院”，也当由“法务部”决定。
最终，9月6日，特侦组以开发布会的方式，向外界公开关说案，并将曾勇夫、陈守煌分别移送“监察院”与检察官评鉴委员会调查。此后几天，特侦组多次召开记者会。
在林峰正看来，这打乱了正常的司法程序：“既然已经将案子作为行政案件决定移送‘监察院’，那么调查所得证据是否公布，应该由‘监察院’决定。特侦组公开监听记录，是对‘监察院’调查权的侵犯，因为显然现在舆论正在影响‘监察院’。”
此刻的特侦组，正面对成立以来最大的信誉危机。
依靠打击黑金起家的特侦组，迎合了民众反贪渎诉求，2006年获得法律地位确认，2007年4月挂牌成立，为“最高法院检察署”特设机构，由“检察总长”直管，专门负责侦办高级官员刑事案件（比如陈水扁案）。
但在林峰正看来，正是从这时起，特侦组的职权开始异化。比如，除了陈水扁以外，特侦组查办了许多来自绿营的政务官，但绝大多数最后都被判无罪。
“这让人们非常奇怪，难道贪腐失职的只有民进党？”林峰正说，连国民党的党内人士也感到惶恐：“人们认为特侦组现在正在成为一个不可提的巨兽，被政党随便控制，成为政治追加的工具。”
吴志光教授认为，如果特侦组带来的整肃气氛继续存在，不排除修改《法院组织法》，若如此，下台将可能是特侦组最后的命运。
外部监督：门槛高，力度小
“关说案”曝光后，办案检察官林秀涛出面“翻供”，她说，陈守煌只是要她依法办案，如果被告无罪不必硬要上诉，“这算是关心、关切、关说，还是提醒？”
此前，林秀涛接受特侦组侦讯时曾承认，“检察长（陈守煌）有提到有预算压力，所以依照柯委员意思做”。
柯建铭所涉的全民电通案，在改判无罪后，检方放弃了上诉。
林峰正认为，此案的重点就在于，放弃上诉是否与检察长的“指导”有关，“这个判断就要交给检察官评鉴委员会来做”。
2012年1月，根据台湾新实施的法官法，“法务部”和“司法院”分别成立了检察官、法官评鉴委员会。检察官评鉴委员会成员11人中，4人来自官方（检察官3名、法官1名），7人来自民间（律师3名、学者及社会公正人士4名）。
陈守煌和他的下属林秀涛，都将接受该委员会的伦理评鉴。
“专业性不那么强，但是体制上独立。”林峰正说，评鉴委员会的设立，就是为了容纳司法体系之外民众的声音。“如果评鉴结果能够通过法律和公共舆论的检验，将会增加民众对检察系统‘自我纠错，修复伤害’的信任。”
“中央研究院”法律研究所副研究员黄国昌不太乐观：委员会中的三名检察官，似乎很难对自己的长官“下重手”。
林峰正也承认，目前评鉴委员会对于司法官员失职渎职的判断过于保守：“惩罚门槛提得很高，而建议的处罚程度又都比较低。”
