遗憾的是，由于改革没有及时跟进，权力进入市场，权钱交换，在滋长腐败的同时也生长出一批权贵资本主义。社会各个利益集团为追求本身利益最大化，相互博弈，财富重新分配，出现了两极分化。杜润生敏锐地指出，这种局面导致极左派对市场经济的批判与攻击，他们认为“市场经济本质是复辟资本主义”，而且“利用群众对两极分化的不满情绪，倡导回到毛泽东时代”。杜润生对于极左派的主张进行了准确概括：“根本反对市场经济，要恢复毛泽东时代。不但是传统的斯大林式的社会主义，而且自己还加进'民粹主义'的东西，比斯大林还'左'。极左派就是想走这个路子。”
杜润生说：“人们思想不统一，并不可怕，可怕的是没有制度安排，赖以抵制危险的思想风暴，从而任其转化为政治实践。”那么，什么样的制度安排能够“抵制危险的思想风暴”呢？就是民主政治。
在1949年以来的政治风暴里，杜润生亲身体味了传统政治的残酷。在五十年代说过“斯大林严重破坏法制的事件，在英、法、美这样的西方国家不可能发生”这类明智之语的毛泽东，最终也没有避免历史悲剧。由于党内决策缺乏民主，导致了“大跃进”、“文革”。至于做出了市场经济导向的重大决策的邓小平，“他有权威主义偏爱，对民主呼声是实行淡化处理的。'六四风波'的负面影响也主要是削弱民主生活。”
可是，经济发展的成就却被某些人士视为政治体制优越性的证明。杜润生不同意这种判断，而是很早就呼吁在经济发展的同时要推进政治改革。政治体制改革的主要内容，就是建立民主政治。在90年代以来写的一系列文章里，杜润生指出，随着市场经济的发展，利益日益多元化，人民内部矛盾突出起来。单纯依靠抑制、堵截等于激化矛盾，急风暴雨的运动方式，历史证实副作用很大，不宜再用，“唯一的选择是及时建立民主制，这是制度演变应有的取向。”
在1997年的一次座谈会上，杜润生提出：“讲稳定，要靠多种措施，重要一条是学会正确解决人民内部矛盾，而解决人民内部矛盾离不开民主，有民主才能充分暴露矛盾，并分批解决矛盾，避免矛盾总暴发。”在三农问题凸显的2001年，他警告说：“农民可以是顺民，安分守己，努力劳动，如果生活不下去，走投无路，也会成为暴民，成为不稳定因素。这问题要好好解决。”21世纪以来一味维稳造成的诸多后果，证明了杜润生的先见之明。
在杜润生看来，为化解冲突，只有启动政治改革，发扬民主，推进法治，“构建一个透明的政府，尊重人民的知情权。贯彻执行行政许可法。有法可依，执法必严，在法律面前人人平等。用改革的办法从源头上防治腐败。”
