2009年，当芝加哥大学(University of Chicago)准备开设孔子学院的时候，超过170名学校教员签署了一份反对此举的请愿书，称这一计划在学术和政治上都存在分歧。该学院最终在2010年得以开设。然而去年，学校教员的反对令北达科他州迪金森州立大学(Dickinson State University)取消了建立孔子学院的决定。
加拿大《环球邮报》(the Globe and Mail)今年2月份报道称，麦克马斯特大学(McMaster University)将关闭孔子学院，因为该学院对教职员参与法轮功组织加以限制，该组织已在中国遭禁。该学院的反应不得而知。
去年詹森(Lionel M. Jensen)出版的一本书中就讨论了许多孔子学院面临的争议。詹森是美国圣母大学(University of Notre Dame)凯洛格国际研究所(Kellogg Institute for International Studies)东亚语言文化副教授。
他写道，还没有出现过孔子学院直接威胁到学术自由的情况，但是他说，不过，这并不意味着美国孔子学院的负责人们不会特意安排在他们的资助人眼中没有争议的项目……在最坏的情况下，这相当于一个持续的自我审查。
据媒体报道，在英国，针对在伦敦政治经济学院(London School of Economics)建立一所孔子学院，以及一家中国基金会对剑桥大学(Cambridge University)的一笔巨额捐助，学者们最近几年表达了担忧。
2008年西藏发生骚乱时，中国的许多学生对境外支持西藏暴力活动实施者的做法感到愤怒，但是校园抗议活动是被禁止的。这种愤怒情绪对宁波诺丁汉大学(Nottingham University in Ningbo)的管理者构成了挑战，当时，一些中国学生指责外国教授对中国有偏见。诺丁汉大学的高级管理人员恩纽(Christine Ennew)说：我们鼓励教职员工和学生为讨论这些问题做好准备，我们不限制行动，但是我们会鼓励人们以理性和礼貌的方式行动。
在入学指南材料中，纽约大学警告在中国学习的学生们说，中国关于示威和其他言论自由表达方式的法律与美国不同，需要遵守中国的这些法律。材料中提醒说，对政府的批评是非法的，会受到严密的监视。纽约大学目前在中国推出的学习项目还很有限。
熟悉上海纽约大学的人士说，去年5月宣布陈光诚将去纽约大学之后，学校管理人员曾经担忧该校正在小心翼翼谈判的这个项目可能受到的政治影响。
纽约大学的管理人员以及中国和美国的政府代表2011年3月在这一项目上取得了进展。据上海纽约大学的一名高级管理人员说，尽管如此，这所学校仅获得了三个必须的关键政府批文中的两个。这名管理人员说，让陈光诚到纽约来的决定似乎没有导致项目出现任何拖延或带来其他规划和审批问题，但是纽约大学仍然担心，该项目将会因为与一场美中外交危机的关系而受到影响。这名管理人员说：无论我们是否愿意，都已经扯上了关系。
纽约大学说，该校去年10月初通知了陈光诚，给他提供的住所将于今年6月底到期。纽约大学说，中国教育部对上海分校的最后审批是去年10月末完成的。
纽约大学的发言人贝克曼(John Beckman)说，这两件事发生的时间没有关联。他说，纽约大学已经多次表示，陈光诚和上海分校是两件不相关的事，并指出分校最后获批的时间是在该校接纳了离开中国的陈光诚之后。
另一名与纽约大学管理层关系密切的人士说，去年5月，在陈光诚的未来命运使美中关系陷入紧张和僵持之际，纽约大学校长塞克斯顿(John Sexton)应时任美国国务卿克林顿(Hillary Clinton)的请求，同意为陈光诚提供一个访问学者的职位。但是这名人士说，出于对学校更广泛利益的考虑，塞克斯顿同时决定不与陈光诚见面，也不公开支持他。
陈光诚在声明中说，纽约大学没有安排他与塞克斯顿见面。
周二，在被问到塞克斯顿未与陈光诚见面的原因时，贝克曼说，我们没有收到正式的会面请求，有光想法可能以某种抽象的方式在陈光诚与教职员工的对话中出现过，但是从来没有正式的会面请求；在与陈光诚有关的一系列问题中，这件事关系不大。
贝克曼补充说，塞克斯顿非常清楚自己在哪些领域会公开表达立场，这些领域仅限于纽约大学和教育问题，塞克斯顿不会公开谈论这些领域之外的问题。
贝克曼还否认在纽约大学容留陈光诚的请求直接来自克林顿，并且提到了国务院前法律顾问高洪柱(Harold Hongju Koh)的一个声明。高洪柱目前是耶鲁大学(Yale University)法学院的教授。
高洪柱的声明说，2012年5月，我代表美国政府联系塞克斯顿校长，询问纽约大学是否可以成为陈光诚暂时的访学场所，他立刻同意了，没有犹豫，除了做正确的事，他没有为任何其他因素担心；塞克斯顿和纽约大学对陈光诚及其家人展示了超乎寻常的慷慨，对纽约大学的慷慨加以怀疑会打击其他大学采取类似勇敢行动的积极性。
周二在被问到克林顿是否与这个请求有直接关系时，高洪柱回答说，不是她首先向塞克斯顿提出请求的，是我。
高洪柱说，这些是战略上的决定，不是国务卿一人的决定；这就是她拥有一个团队的原因。
记者未能立即联系到克林顿置评。
塞克斯顿直接参与了上海分校的建立。
