台湾提出东海和平倡议后，日方当然对此持正面肯定态度。之后，马英九针对钓鱼岛争议又进一步表态，他说，日本将钓鱼“岛国有”化，必须确保台湾渔民传统作业区域不受影响，以展现日本的诚意。马英九还说，要求台湾“海巡署”，在渔季必须天天出动护渔。因应马英九的要求，“海巡署”对外公布了护渔巡航作业方案，相关官员表示，台湾“行政院”于2001年公布的“暂订执法线”，早就把钓鱼岛及附近岛屿纳入，但台湾与日方海上保安厅船舰，都有一定的默契，台湾舰艇不会刻意驶入钓鱼岛24海浬内。
于是，在日台双方立场相当合拍情况下，进行了第17次日台渔业谈判，正式签署了“日台渔业协定”。该协议虽然明确了“不影响双方各自钓鱼岛主权的主张”，暂时模糊了双方间的钓鱼岛主权之争，这只是权宜之计，台方暂时争取到了钓鱼岛领海之外海域的捕鱼权，但台方以协议形式明确承诺渔权不及钓鱼岛12海浬之内，等于间接承认了日本对钓鱼岛主权，放弃了台方具有的钓鱼岛主权争端方的权利。为目前复杂的东海钓鱼岛问题增加了一个新的不确定因素，也给未来中国大陆与日本解决钓鱼岛问题带来了困扰，使这一问题的解决更为复杂。
二、南海问题上台当局亦显弱势捍卫祖业不积极
在南海局势方面，同样不容乐观，形势极为严竣。中华民族的利益正在受到菲律宾、越南等南海相关国家的蚕食。在南海领土争端问题上，中国歴史上属自已领土的大部分岛屿，都被南海诸小国瓜分得七七八八。仅南沙群岛，中国大陆包括台湾在内仅占9个岛礁，包括永暑礁、赤瓜礁、东门礁、南熏礁、渚碧礁、华阳礁、美济礁，中国台湾控制太平岛、中洲岛。去年以来，中方在持续努力下，将黄岩岛控制权夺回手中，又将仁爱礁的控制权逐渐夺回手中。南沙其它的中国领土大部分仍被小国占领，包括：菲律宾占8个岛屿，越南占29个岛屿和珊瑚礁，马来西亚占3个岛屿，印尼占2个岛屿，文莱占1个岛屿。
在南海问题上，台湾至今一直表现出不与大陆合作态度，拒绝大陆共同维护南海主权主张，给菲律宾、越南等国有机可乘，造成中华民族整体力量相当程度的内耗。
今年菲律宾方面在南海射杀台湾渔民，引发两岸民众极大愤慨，突显两岸共同合作维护两岸在南海权益的重要性和紧迫性，也增加了两岸在南海合作的有利背景条件。台湾在南海问题上固然有其重要角色和重大利益，南海问题如果没有台湾的参与，实际上也是很难解决的。因此，在南海问题上，关键是两岸不能对立，让外人看笑话。
