台前“国防部长”高华柱道歉：军方管理严重缺失 图片来源：台湾“中央社”
为了对社会交代，军方找到一个替死鬼，洪仲丘遭虐死，问题明显出在想置他于死的魔头长官凶残霸凌，“国防部”不思检讨管教制度缺失，却反而要找当时参与急救的医官吕孟颖做代罪羔羊，社会哗然。曾经在542旅当医官的台湾大学医师柯文哲批评，军方的做法就像中世纪黑死病，却要找女巫负责一样荒谬。
军中的黑幕，让洪家对其侦办行动不敢抱太大希望，尤其在侦查不公开大原则下，军方更有理由堂而皇之地不让家属知道侦办进度，因此，洪家在7也20日马英九前往探视时，当面提出让第三方介入协助侦办的要求，但马并未同意，强调现役军人犯案依法由军检侦办。现在问题是军方的侦查作为已难昭公信。
过去资讯封闭，军方常假“国家安全”之名，只手遮天，为所欲为，例如众所瞩目的尹清枫命案，前“总统”陈水扁曾撂下动摇国本也要侦办到底的狠话，即因证物遭湮灭，无法查出真相，成了世纪悬案。现在社会多元开放，军方却还心存侥幸，活在过去，以为只要关闭营区大门，跟社会隔绝，继续沿用过去模式，拖一天算一天，船过水无痕，就能逃过媒体监督，殊不知现在网络就是媒体，任何不法的蛛丝马迹，都会有人在网上爆料、发声，甚至动员，形成无远弗届的舆论压力，这次网民就让军方踢到了铁板。
部队以对待战犯的手段凌虐士兵，在网络世界激起公愤，洪仲丘的大学同学在脸书发起“找出真相，不要让他白白牺牲”粉丝团，成立5天就有12万人按赞；自发成立的“公民1985行动联盟”在洪案后续更是扮演推手角色，透过脸书发挥惊人的动员能力，在无组织情况下，短短7天号召数万人上街，展现公民社会强大自主力量，媒体称之为台版“茉莉花革命”，逼得军方黑手不敢蠢动。
7月20日上午，公民1985行动联盟发动“公民教召－还仲丘一个公道”，突破台湾警戒最森严的“博爱特区”，号召民众包围国防部。不到9时，这群诉求“真相大白”的“白衫军”陆续在位于博爱路的国防部门口集结，他们手持“遏止军中官官相护”、“让第三方介入调查”等的标语，秩序井然，配合现场指挥动作，逾3万人发出白色怒吼，不仅史上罕见，也创下“国防史上”近年来最大规模现场抗议纪录。
社会的压力，迫使陆军对洪仲丘命案报告快速出炉，这份厚达百页的报告中，并无确切指出谁要整死洪仲丘，相关动机也只字未提。报告指出，7月3日傍晚洪仲丘送医前，除上午被戒护士陈毅勋（已遭收押及列为被告）狂操，下午在酷热高温下，已不适的洪仲丘再被戒护士李念祖操逾300下体能；调查证实，李念祖还脚踩洪仲丘已受伤的脚，强迫他做仰卧起坐。李念祖已被列被告。截至7月24日，已有三人列为被告。
报告还原7月3日洪仲丘送医急救前的操课状况指出，从下午3点20分开始，共进行6项连环操练，洪仲丘先被要求做了82下伏地挺身；接着做32下平躺抬腿；然后交互蹲跳39下；花7分钟跑30公尺操场40圈；再做伞兵操开合跳110下；最后做仰卧起坐50下，体力已经耗尽的洪仲丘几乎都是分好几次才做完。
