自由主义还有一个更深层的理由拒绝这种论证，我姑且称为人的信仰的完整性。胡适在文章中很感激地说：“这个国家、这个社会、这个世界，绝大多数人是信神的，居然能有这雅量，能容忍我的无神论，能容忍我这个不信神也不信灵魂不灭的人。”但为什么这些信神的人会容忍胡适这样的无神论者？按胡适的解释，那必然是因为这些信神者对自己所信的宗教抱一怀疑态度。但这种解释并不合理，甚至是对这些信仰者信念的一种扭曲和伤害。对一个全心全意投入某个宗教且深信其为世间唯一真理的教徒来说，他不可能说：我容忍你，因为且仅仅因为我同时相信无神论也有可能为真。如果真的如此，他的信仰生命将面对一种割裂和异化，因为对许多人来说，信仰的本质，正是生命的一种整体性投入。人不能在完整地相信的同时又完整地怀疑。如果自由主义的容忍观建立在怀疑论之上，不仅令自由主义的吸引力大减，同时是对真诚信仰者的不尊重。
胡适似乎没有意识到，怀疑论和宗教信仰之间，是有张力的。他只是理所当然地假定，那些容忍他的无神论的人，都已接受了怀疑论，但却没有考虑可能有其他理由支持宗教容忍。于是我们回到之前的问题：如果我坚信某种宗教为真，我仍有理由选择容忍异见者吗？
自我做主
自由主义会说，有的，理由在于尊重每个人都是独立自主的个体自主的意思，是自我做主。自由主义认为，每个人都是自己生命的主人，有理性能力去构想和规划自己想过的生活，活出自己生命的意义。就此而言，人是有自由意志且能对自己生命负责的行动主体。因此，我们应该尊重每个人的选择。这并不是说，每个人的选择必然是最好的，而是说，尊重个体选择是尊重人作为自主的理性存有最为恰当的方式。基于此，自由主义遂可以说，我虽然不同意你的信仰，但我仍然有理由容忍它的存在，因为我尊重你是自主的个体。我尊重的，是你的人，不是你的信仰。
我们至此可见到，容忍其实牵涉两类性质不同的理由。第一类理由，关乎容忍者对被容忍者的信仰的负面评价。第二类理由，关乎容忍者对被容忍者自主人格的尊重。这两类理由同时存在，而这正好解释了容忍作为美德的特点：一方面不同意对方的观点，一方面却选择不作干涉。背后的理由，是对个人自主的尊重，而不是对一己信仰的怀疑。这是一种完全不同于胡适的进路。
读者或会问，既然两类理由同时存在，为什么对个人自主的重视必然能凌驾负面评价所产生的厌恶和仇视？对，这没有保证。而这正好说明，容忍为什么如此艰难，而做一个真正有容忍精神的自由主义者，又是如此不易。艰难之处，不在于你要承认自己也有机会犯错，而在于你坚信自己没有错的同时，愿意放下你和别人在道德、政治和信仰上最深刻的分歧，看到别人也是人，是理性自主且值得我们尊重的独立个体，从而约束自己支配他人的冲动。
不过，在自由民主社会，容忍的难题，已由一种巧妙的政治分工得到相当程度的解决，就是基于政教分离而逐渐发展出来的平等权利的制度。在这种制度中，国家最重要的责任，不是去宣扬和支持某种宗教，而是保障每个公民享有平等权利去追求和实现自己的信仰，这些权利包括思想和信仰自由，结社自由和广泛的选择自由。在这样的多元社会，人们在尊重他人相同权利的前提下，和平共处，既不强加自己的信仰于他人身上，也不要求国家这么做。
从容忍到尊重
我们甚至可以说，在这个过程中，自由社会慢慢完成了一种由容忍到尊重的过渡，因为在国家赋予公民平等权利时，它的理由不是容忍，而是平等尊重。国家对不同宗教，理应一视同仁公平对待。这种过渡完成后，权利话语遂逐渐取代容忍话语，同时也在公共文化中逐步改变人们的态度，包括对个人自主的尊重，甚至包括对异见的尊重，因为大家逐渐意识到，合理的多元主义是现代社会的现实。
我们由此可以说，胡适认为没有容忍就没有自由的说法，并不准确。没错，容忍会导致某种不干涉，但这只是支持自由的其中一种途径，却不是唯一。自由主义可以直接诉诸个人自主来证成思想和信仰自由，而不需说这是国家或大多数人对另一些人容忍的结果。不仅不需要，有时甚至不应该，例如我们不应恳求大多数人容忍反对的声音，而应要求还给发出反对声音的主体应有的政治权利。这两种要求的性质，是完全不同的。前者不仅预设了不对等的权力关系，同时隐隐然默认了这种不对等的合理性。后者却颠覆了这种关系，强调作为自由平等的公民，这些权利本来就是我们应享的。
胡适将整个自由主义建基于容忍，同时将容忍建基于怀疑论，我认为是双重削弱了自由主义的道德基础和道德吸引力。实际上，怀疑论不能支撑容忍，容忍本身也不能支撑自由主义。了解这点，对于中国自由主义未来的发展，是必要且重要的。
