（二）财权与事权未理顺，专项转移支付清理整合不到位。
1．专项转移支付项目清理力度不够大。经审计核实，具有专项性质的转移支付明细项目有363项，其中“中央基建投资”1个明细专项又包含110个子项。有的专项设置交叉重复，如财政部管理的“国家水土保持重点建设工程补助”等6个专项与发展改革委管理的“水土保持专项资金”等6个专项之间，财政部管理的“农业科技推广示范”、“名优经济林”等21个专项之间，发展改革委管理的“物流业调整和振兴”、“农产品[-0.75% 资金研报]冷链物流”等13个专项之间，在资金投向、补贴对象等方面存在交叉现象。
2．有的政策目标不够协调。如农业部管理的“海洋捕捞渔民转产转业补助”主要用于海洋渔船的报废补助等，而财政部和农业部共同管理的“渔业成品油价格补助”主要用于补助因成品油价格调整增加的渔业成本，由于保留渔船领取的成品油价格补助高于报废渔船获得的转产转业补助，渔民更倾向于保留渔船，造成减船转产工作陷于停顿。个别专项分配办法与政策目标衔接不够紧密，如发展改革委管理的“重点节能工程”项目，不是按节能量而是按项目总投资的一定比例安排补助，未充分考虑项目的节能效果和不同行业的节能成本。
3．分配管理权责有待理顺。以“农林水事务”类专项为例，其中66个专项在中央本级由9个主管部门的50个司局、114个处室参与分配管理；下达到地方后仅省一级就涉及近20个主管部门，省以下也需层层审批，如广东省2013年分配的“晚造水稻种植保险保费补贴”1.16亿元，经县、市、省逐级审核，最长的历时213天才到位。同时，专项资金整合不到位，至2013年底，财政部已将“农林水事务”类中的23个专项整合为10个，但整合后的6个专项在实际安排资金时，仍按原16个专项管理，分配依据、审批程序无实质性改变，资金也不能调剂使用。
（三）部分财政资金分配不规范，有的使用中存在违法违规问题。
1．分配中存在超范围、超标准问题。一是财政部分配的“成品油价格补助”、“小额担保贷款财政贴息”、“全科医生规范化培养基地能力建设”等3个专项中，有128.32亿元超出规定的补助范围，其中由于交通运输部扩大成品油价格补助范围，多拨付116.61亿元。二是财政部在清算成品油价格补助时，未按实际油品分类结算，多支付地方12.62亿元。三是发展改革委在“重点节能工程”专项中超范围安排地方发展改革等部门车辆购置补助2.18亿元，向“防灾减灾能力建设”专项的7个项目超出标准或申请额多安排投资940万元。
2．申报中存在虚报冒领问题。由于财政专项资金种类多、项目杂，参与分配部门多，由基层逐级审核上报，信息沟通不畅，加之审核监管不到位，弄虚作假问题比较严重。重点抽查的“林业贷款贴息”、“成品油价格补助”、“农机具购置补贴”、“中央基建投资”、“县域金融机构涉农贷款增量奖励”和“农村金融机构定向费用补贴”6个专项的可疑项目中，有18.59亿元专项资金（占抽查金额的37.59%）被骗取套取。主要是：
一是项目单位和个人采取虚构项目、伪造申报材料等方式骗取财政资金。如南充鑫泓建材有限责任公司和四川安格儿建材有限责任公司2012年以来，虚构项目、私刻印章、伪造公文、虚开发票，骗取中央基建投资补助1240万元；黑龙江百禾食品有限公司在未向银行贷款的情况下，伪造银行公章、银行法定代表人名章、贷款合同、保证合同等，申报2013年林业贷款贴息104.1万元，审计指出后当地财政局未向企业拨付。
二是一些主管部门和工作人员出于地方或部门利益，审核把关不严，有的甚至默许弄虚作假行为。如滨州、新泰、宁阳的交通运输局默许当地3家公共汽车公司虚报车辆和运营里程，2010年至2013年骗取成品油价格补助1.06亿元，其中340.67万元被当地交通运输局占用。
三是有的公职人员与企业或个人内外勾结骗取财政资金，从中牟取不当利益。如山西信联机械制造股份有限公司采取将同一机具修改发动机号、重复计算等方式，虚报销售量骗取农机具购置补贴5000多万元，山西省41个县区农机系统多名工作人员协助造假，并从中收受好处。
3．使用中存在挤占挪用问题。审计9个省发现，8个省及所属12个县挤占挪用专项资金31.33亿元，主要用于日常运转、工业园区建设、发放工资津补贴等。如四川省简阳市2010年至2013年，将上级财政拨付的民生类专项资金共计14.19亿元挪用于市重大项目、工业园区建设等，影响相关政策目标的实现。
（四）各级财政均有一些资金沉淀，资金使用效益未能充分发挥。
1．中央本级财政存量资金较多。如为满足科技经费增幅应高于财政经常性收入增幅的规定，中央财政将当年无具体使用项目的科学技术支出按权责发生制结转，至2013年底累计结转384.12亿元，有217.24亿元结转5年以上。
2．重点审计的32个中央部门结存资金半数闲置超过一年。至2013年底，这些部门结存资金974.20亿元中，有493.80亿元（占50.69%）是2012年底前形成的，结转超过5年的有8.36亿元。审计还发现，卫生计生委、文化部、人民银行等7个部门本级和36个所属单位2013年采取虚列支出、以拨作支等方式人为减少存量资金6.11亿元，海洋局本级和中科院大气物理研究所等16个所属单位未及时上缴或未经批准动用结余资金1.29亿元。
3．重点审计的9个省本级和9个市本级财政存量资金近三成已无法按原用途使用。至2014年3月底，这些地方财政存量资金共计7673亿元，其中有指定用途的4802亿元（占62.58%），主要集中在城乡社区事务、农林水和环境保护等政府投入不足领域；有2051.39亿元（占26.74%）由于原定项目完成或取消、不具备实施条件等已无法按原用途使用。
4．中央财政对创业投资基金的投入闲置较多。批准设立的141个基金中，39个未按时成立，加之部分已成立基金参股方未足额出资，导致财政投入23.22亿元滞留在托管账户；由于业务开展慢，已成立基金筹集的资金中，有127.75亿元结存未用。此外，还有2个中央财政直接投资项目取消，财政投入4000万元闲置。