陈独秀首先发现他在大革命失败的许多意见上和托洛茨基不谋而合：他曾反对加入国民党，后来又要求退出国民党，而托洛茨基在1923年也持这种观点；他认为是中共执行国际指示断送了大革命，而托洛茨基“早已在你们(指共产国际)背后指出真正的机会主义和盲动主义”。陈独秀称赞“托洛茨基同志所提出过去大革命失败的教训是百分之百的正确”。陈独秀从思想上和感情上贴近了托洛茨基。
对大革命失败根源的认识是陈独秀倒向“托派”极其重要的一步。1929年9月，“中国共产党左派反对派”成立，陈独秀任书记。
姚金果分析：“陈独秀就是想在党内建立一个反对派，他自己的理解这仍是在中共党内的一个组织，来监督和批评中央错误决策的。”
但在斯大林反“托派”斗争的大背景下，陈独秀领导的中国“托派”自然不会有好结果。
共产国际执委会东方书记处负责人米夫致信在上海的共产国际执委会远东局：“党内必须加强同右派的斗争……必须要么争取使他(指陈独秀)在彻底认错和接受党的路线基础上实际参加党的工作，要么决定他的党籍问题。”
陈独秀没有接受中央的任何劝告，也不愿意承认自己的错误。1929年10月10日，陈独秀态度强硬地宣称：“在你们，绝对没有理由可以开除发表政治意见不同的任何同志。”
1929年11月15日，中共中央政治局作出决议，开除陈独秀的党籍。
12月10日，陈独秀发表了《告全党同志书》，对中共中央开除自己的理由逐条辩解，认为大革命失败的根源在于共产国际的错误支配，而自己因“认识不彻底，主张不坚决，动摇不定”，“深深地沉溺在机会主义的大气中，忠实地执行了国际机会主义的政策”。
“政府并非国家”
陈独秀的一生跌宕起伏，曾经五进监狱，实践了他的名言：“世界文明发源地有二：一是科学研究室，一是监狱。我们青年要立志出了研究室就入监狱，出了监狱就入研究室，这才是人生最高尚优美的生活。”
“在我看来，相比政治家、教育家的角色，陈独秀更是一位伟大的思想家。即使在监狱里，他也在思考和写作。”姚金果说。
1932年10月15日晚，陈独秀被以“危害民国罪”最后一次被捕。法庭上，审判长问：“你知不知道，你要推翻国民政府是犯危害民国罪吗？”陈独秀回答：“我只承认反对国民党和国民政府，却不承认危害民国。政府并非国家，反对政府，并非危害国家。”
大律师章士钊为其辩护说：“现政府正致力于讨共，而独秀已与中共分扬，予意已成犄角之势，乃欢迎之不暇，焉用治罪乎？本律师要求法院宣判独秀无罪。”
当章士钊辩护完毕，陈独秀立即声明：“章律师的辩护词，只代表他的意见。我的政治主张，要以我的辩护词为准。”因为在陈独秀看来，章士钊的辩护词与自己的政治主张不合，且有摇尾乞怜、卖身投靠之嫌。
陈独秀晚年曾说：“我决计不顾忌偏左偏右，绝对力求偏颇，绝对厌弃中庸之道，绝对不说人云亦云、豆腐白菜、不痛不痒的话。我愿意说极正确的话，也愿意说极错误的话，绝对不愿说不错又不对的话。”
“这些话说明，陈独秀有着独立思考的硬骨头。但作为一个政治家，则缺少了妥协和中庸的品质。”姚金果说。
1942年，贫病交困的陈独秀在孤独中去世，走完倔强坎坷的一生。