作为中共最主要的创立者，几十年来，他被先后戴上了九顶帽子，即机会主义的二次革命论、右倾机会主义、右倾投降主义、托陈取消派、反共产国际、反党、反革命、汉奸、叛徒。
如今，这些帽子先后被一一摘掉，2002年出版的党史一卷，将长期以来的“右倾投降主义”改为了“右倾机会主义”。2004年4月，胡锦涛在纪念任弼时诞辰100周年座谈会上谈到大革命失败时，又给予了新的说法，将其表述为“陈独秀的右倾错误”。这是到目前为止由中央领导人所作的新的定性，获得了学界普遍好评。
中央党史研究室研究员姚金果对此深以为然：“陈独秀在大革命中所犯的错误不能全归咎于他，有共产国际的原因，加上党太年轻，缺乏经验，所以他所犯的错误应该是集体错误。”
在中央党史研究室“镇室之作”《中国共产党历史(第一卷)》中，姚金果承担了第二编“党在大革命”时期的编写工作，之后又承担了国家社科基金项目《共产国际、联共(布)与中国大革命》的编写。
姚金果告诉本刊记者，苏联解体之后，有关苏联、共产国际与中国革命关系的大批档案文件得以解密，越来越多的事实正以它们的本来面目先后回归，与之相伴的便是历史评价的修正，陈独秀的研究就是一个很好的证明。
被共产国际束缚手脚
1925年至1927年大革命失败，年轻的中共蒙受巨大的损失。陈独秀作为党的最高领导人，不管其所奉行的路线政策是自觉主动的还是被迫违心的，都逃脱不了应当承担的领导责任，他因此被戴上“右倾机会主义”的帽子，离开了连任五届的中共最高领导岗位。
上世纪90年代，俄罗斯解密档案显示，从1923年到1927年的5年中，联共(布)中央政治局为讨论中国革命问题开过122次会，作出过738个决议，即平均两天一个决议。莫斯科的指示像雪片似地飞来，有的是直接给中共中央的，有的是通过共产国际代表来指导中共中央的。
因为陈独秀鲜明倔强的个性，建党初始，陈独秀与共产国际代表马林的关系一度比较紧张，他说：“苏俄党是苏俄党，中国党是中国党，各有各的国情，我们犯不着去做共产国际的支部。”
1922年7月，中共二大决定参加共产国际，成为它的一个支部，在很长一段时间里，共产国际成了中共的实际领导者，马林必须参加中共领导机关的会议，中共也从共产国际获取援助。陈独秀对此很是不满，他曾对包惠僧说：“革命是我们自己的事，有人帮助固然好，没有人帮助我们还是要干，靠别人拿钱来革命是要不得的。”
加入共产国际，在当时的情况下，也是陈独秀惟一的选择。然而，问题在于，谁能保证共产国际的指挥永远正确呢？
当时的国内形势是帝国主义在华势力和北洋军阀相互勾结，掌握着绝对的军事力量，年幼的中国共产党也意识到，团结其他党派，尤其是孙中山领导的国民党一致革命的重要性。
那么，国共合作以什么样的方式实现？陈独秀和共产国际的想法不一样。在中共二大上，陈独秀提出与国民党以党外合作方式进行联盟，这样能保证党的独立性。
但在马林的天平上，中国共产党和国民党的分量不一样。于是，马林将自己曾经在荷兰殖民地爪哇的成功经验搬到中国，他提出实行“党内合作”，即共产党员加入国民党的方式实现国共合作，遭到陈独秀的坚决反对。
马林不得不返回莫斯科向共产国际求援。1922年8月，马林带着共产国际的“尚方宝剑”返回中国。在他的提议下，中共中央在杭州西湖召开会议，讨论加入国民党的问题。马林对陈独秀说：“共产党员加入国民党以实现国共合作是共产国际已经决定的政策，是不能改变的。”就这样，中共中央为尊重共产国际意见，不得不同意中共党员以个人名义加入国民党。
“陈独秀是带着改造国民党的心态加入进来的。作为大才子，陈独秀在马林的鼓励下，坚决拿起了批评的武器，批评国民党对帝国主义的依赖、重军事行动而轻视民众的痼疾，这令孙中山很不舒服。孙中山虽然走上了联俄联共的道路，但他要求党员对他绝对忠诚和服从，不允许共产党人在报纸上公开批评国民党。在这种情况下，本来计划在广州同孙中山国民党一道领导国民革命的中共中央，只得再次将中央机关迁回上海。”姚金果说。