职能交叉重叠
除了反腐机构繁多之外，各反腐机构职能交叉重叠的普遍现象，也一直为研究反腐制度的学界人士诟病。
我国目前的反腐体制是在改革开放以来的反腐工作实践中逐步形成的，具有多部门、多层级、职能交叉的特点。
以惩治、预防和教育三大职能划分来看，纪检监察机关和检察机关都分别承担这三项职能的全部或者一部分。例如，纪检监察机关承担惩治、预防和教育职能，国家预防腐败局承担预防职能。检察院的反贪、反渎机关承担惩治功能，职务犯罪预防机关承担预防职能。
今年3月初，监察部网站第一次公布了中央纪委、监察部内设机构图。根据该图，中央纪委、监察部一共设立了10个纪检监察室负责案件查办工作。除此之外，中央纪委、监察部的内设机构还包括预防腐败室、宣传教育室等，分别承担相应职能。
各级纪检监察机关与中央纪委、监察部的内设机构基本类似，只不过基层纪委监察机关由于人数不足，有些内设机构合并设立或者工作人员身兼多职。
在公布内设机构图的同时，长期不为外界熟悉的纪检部门查办案件的工作程序框图也首次对外界披露。根据这一框图，目前纪检部门办案程序分为5个阶段，分别是受理、初步核实、立案、调查、移送审理。
具体来说，受理是指接受违反党纪政纪行为的线索和材料，并予以处理；初步核实是指按照规定对受理的违纪违法线索和材料进行初步核查和证实；立案是指按照管辖权限，经初步核实认为确有违纪违法事实，依照规定决定立案；调查是指通过调查收集证据，查明违纪事实；移送审理是指经过立案调查并需要追究党纪政纪责任的案件，在调查终结后向案件审理部门移送。
一位地方纪委人士说，如果纪检机构的案件审理部门审结后，有违反党纪政纪的行为就会作党纪政纪处理，比如“双开”（开除党籍、开除公职）、留党察看等，如果有涉嫌犯罪问题移送司法机关依法处理。
对于涉嫌犯罪官员作党纪政纪处分的时间点，这位纪委人士表示，既可以在移送司法机关前，也可能等到法院判决后，再进行处分，没有统一规定。比如重庆市原副市长王立军是在被判刑后才被“双开”，而山东省原副省长黄胜在今年5月获刑，却早在去年6月即已被“双开”。
一个外界普遍关心的问题是，纪检部门和检察院反贪局在办理官员贪腐案件尤其是涉及高级别官员时，是否存在先后顺序。上述纪委人士表示，纪委和检察院都是根据受理的案件线索独立办案，并没有所谓的先后顺序，“只是在有需要的时候会在一起商量，寻求对方帮助”。
省部级以上官员的查办程序则有所不同。安徽金亚太律师事务所主任王亚林曾经代理过多起高官贪腐案件。据他了解，由检察机关直接查处，没有经过纪委先行调查的案件中，也不乏副厅级干部，“不过副省级以上涉嫌贪腐官员一般需要中央纪委先行查处，查办副厅级以上官员也需要先向有关领导汇报再进行查处”。
从近10年来近80名省部级腐败官员的查处程序，其案件无一例外地先经由中央纪委查处，对于涉嫌违法问题的官员再移送司法机关。
复旦大学腐败与廉政建设研究中心主任李辉认为，纪检监察机构对于腐败分子的最高处罚也只能是“双开”，它没有司法处罚的权限，这对于腐败分子的惩罚来说是远远不够的。
