从严规范
不可忽略的是，一些地方纪检监察机关在采用“两指”“两规”措施时，出现了违规违法情况，这一问题早在上世纪末就受到高层重视。
1998年6月，中央纪委监察部发布《关于纪检监察机关依法采用“两指”“两规”措施若干问题的通知》，其中就指出各级纪检监察机关采用“两指”“两规”措施存在一些不容忽视的问题。
为此，该“通知”作了三条规定：一、不准使用司法手段，不准使用司法机关的办公、羁押场所和行政部门的收容遣送场所;二、不准修建用于采用“两指”“两规”措施的专门场所;三、严禁搞逼供、诱供，严禁体罚或者变相体罚，严禁打骂、侮辱人格和使用械具。
2000年11月27日，浙江台州四名纪委干部故意伤害(致死)案，在宁波市北仑区人民法院公开开庭审理。这起中国首例纪委干部因刑讯逼供致谈话人死亡案件，被检察机关提起公诉。
据媒体报道称，69岁的温岭市百货公司退休职工陈安稷，退休后被聘为温岭宾馆会计。2000年4月5日，既非党员，又非干部的陈安稷，被台州市纪委以温岭“3·23”案件涉案知情人为由叫至椒江“谈话”，期间与外界隔绝，其家属多次要求探望，均被纪检部门拒绝。45天之后，他被5位临时抽调上来协助办案的纪委干部活活打死。
那一年的1月，中央办公厅还刚刚下发《关于纪检机关使用“两规”措施的办法(试行)》文件，对正确使用“两规”做了明确规定。
2000年12月，时任的中央领导亲自对浙江台州纪检监察机关在使用“两规”措施过程中发生的一起严重违纪违法事件作出批示称：“从这份材料看，确实存在逼供现象，需要引起十分注意，也要研究一些切实可行的措施”。
为此，2001年2月19日《中共中央纪委监察部关于正确使用“两规”“两指”措施的通知》，再次对依法依纪使用“两规”“两指”措施提出和重申七项要求。
2001年9月28日中央纪委再次下发《关于进一步规范使用“两规”措施的通知》，要求“双规”对象必须是中共党员，场所必须能确保安全，“一般应该选在具有安全防范条件的平房或者楼房的一层”。
2010年12月30日，湖南省郴州市市委原副书记、市纪委原书记曾锦春犯受贿、巨额财产来源不明罪被执行死刑。
媒体报道称，曾锦春滥用“双规”“双指”权力，手段极其恶劣。曾锦春主政郴州纪检工作达11年之久，“双规”“双指”成为其进行二次人事调整和插手经济事务的工具。
据《财经》杂志报道：2001年，郴州市宜章县法院原院长文道值在审理该县国土局长彭辉广一案时，未遵循曾锦春要求的无罪释放指令，被“双规”50多天;2002年3月，宜章县副检察长邝茂盛因违逆曾的意志，被“双规”59天;2000年11月1日，民营企业家李民主、杨守恒、郭三勇被郴州市纪委“双规”，第27天杨守恒伺机逃掉，第49天郭三勇交出4万元现金并留下“今欠郴州市纪委违纪款46000元整”的字据后获释，第50天李民主分两次缴纳了12万元“违纪款”、并写下8万元欠条后才重获自由。
鉴于基层种种滥用“双规”“双指”现象，中央不断下文规范这一措施。2005年5月底，中央纪委办公厅和中央办公厅相继下发文件(分别是[2005]7号和[2005]28号文件)，主题均是“完善查办案件协调机制，进一步改进和规范‘两规’措施”。
此后，在中央纪委颁布一系列有关规范文件，如《关于进一步加强和规范办案工作的意见》《中国共产党纪律检查机关查办案件涉案款物管理暂行规定》《关于进一步加强党的纪律检查机关办案安全工作的意见的通知》，等等。
2012年，中央纪委印发的《中央纪委关于使用“两规”措施的规定》，对“两规”措施在适用对象、使用条件、审批程序、通报和备案、使用期限和安全保障等问题上得到进一步规范。
一位纪检系统不愿具名的局级官员向《中国新闻周刊》透露，对于“两规”“两指”的严格使用，中央纪委曾提出了很多要求，内部开会时也反复强调，如果出现违法违规使用情况，会造成恶劣社会影响。
