尸检报告于2010年9月3日出炉。通过尸表检验，两位鉴定人未发现致命性机械性损伤、机械性窒息损伤的改变。此前，北京市公安司法鉴定中心对马跃的心血及尿液进行了酒精检测和毒物分析，也未见异常。
由此，两位鉴定人签发了鉴定意见书，认定马跃“符合电击导致急性呼吸、心脏骤停而死亡”。
按照法医界的惯例，尸检报告中的肯定或最高级别的表述，应该是“死者系因……而死亡”，但在实践操作中，法医们更喜欢选择类似马跃案中的“符合因……而死亡”的表述。降低肯定的调门，也是在降低风险。
这份鉴定给出了马跃的死因：电击死亡。这并不足够，马跃的家属不明白：一个站在地铁安全黄线以内候车的乘客，为何会莫名被电击身亡？尸检报告没有给出答案。
2010年9月10日，马跃母亲孟朝红以个人名义，通过北京市公安局公共交通安全保卫分局，向中国法医学会司法鉴定中心发出了一封信函。她提出的六点疑问包括：马跃右下颌的伤口是如何形成的？马跃身上的电击伤，哪些是入口哪些是出口？电击的顺序、程度、持续时间是多久？等等。
5天后，中国法医学会司法鉴定中心回函，认为马跃右下颌的伤“在跌倒撞击硬物时可以形成”。对于其他五点疑问，该中心表示，条件所限，无法判断。
一位接受南方周末记者采访的法医界人士认为，北京警方的委托事项，是“鉴定死因”，不包括家属的其他疑问――这些情形需要结合其他材料才有可能得出结论。如果仅因未能解释死因之外的情形而质疑该鉴定中心的操守，“这会让鉴定中心有点冤”。
中国法医学会司法鉴定中心的回复，没能解答孟朝红心中最大的疑惑：马跃究竟何以掉入铁轨，是否受到外力影响？
不幸的是，马跃跌入铁轨的那段监控录像却消失不见。2010年9月，北京法源司法科学证据鉴定中心出具的司法鉴定称，录像形成后约五分钟“被系统删除”。
2010年10月7日，北京市公安局公交分局治安支队出具“关于马跃死亡的调查结论”，认定马跃死亡案件排除他杀嫌疑，不属于刑事案件。
寻找“公正的鉴定机构”
孟朝红向北京警方申请了法医学鉴定和现场痕迹鉴定，但最终，警方不同意进行痕迹鉴定，仅同意进行尸体解剖。这提前预告了这一次鉴定，同样不会超出死因鉴定的范畴。
