2001年之后，中国开始建立转基因产品的进口规则，先后出台了《农业转基因生物安全管理条例》和《农业转基因生物进口安全管理办法》。
根据新的规则，国外的转基因产品供应商只有从农业部获得安全证书之后，才能进入中国市场。这张安全证书有有效期，大豆和玉米只有3年的有效期，棉花有5年，过期作废。
转基因安全证书由几十位科学家组成的委员会—农业转基因生物安全委员会经过安全评价后颁发。
出于减少贸易磨擦和技术的考虑，农业部在2002年3月、2002年10月和2003年7月，三次推迟了安全证书制度的施行，境外的转基因公司仍然可以凭借临时证明继续出口转基因产品。
直到2004年2月，转基因产品才有了准入制度。2004年2月第一批拿到安全证书的5种转基因产品来自孟山都公司，分别是一种转基因大豆、两种转基因玉米和两种转基因棉花。
一般而言，转基因产品的准入制度，既是生态环境和人类健康的负责，也是一道贸易壁垒，保护本国的农产品。
让人意外的是，中国转基因大豆的进口并没有受到影响，除了2002年，大豆的进口略有下滑后，此后的10年内，大豆的进口量一路高歌猛进。2010年、2011年、2012年，大豆的进口量分别达5480万吨、5183万吨、5838万吨。与此同时，国产大豆的年产量一直徘徊在1200吨左右。
“中国进口的转基因农产品主要集中在大豆上，去年我们进口了5838万吨大豆，其中绝大部分都是转基因大豆。”中央农村工作领导小组办公室主任陈锡文说。
这是因为，中国进口大豆来自于美国和阿根廷，这两个国家转基因大豆的种植面积分别占大豆总种植面积的93%和98%。
在陈锡文看来，中国进口转基因农产品无法避免。“目前我国大豆的产量是1300万吨到1400万吨，但是需求量超过了7000万吨。”
如果不进口转基因大豆，全部依靠国产，7000万吨的需求需要将现有的大豆耕地面积增加3倍以上，4亿亩农业要被用于耕种大豆，占我国耕地总面积的22%。耕地资源不多的中国，并不现实。
