3挪用资金
质检总局违规挪用3000万
质检总局、中国科学院、中国社科院等三单位，上一年度审计查出挪用资金问题；隔年的审计报告中，仍然上了挪用资金“榜单”。
质检总局，2006年至2007年，挪用公用经费和检验检疫专项业务费等16项专项经费共计2673.48万元，用于老干部局的基本支出等；2008年，挪用项目经费548.20万元，其中224.20万元用于购买笔记本电脑等与项目无关的支出，324万元补助所属非预算单位。
中国科学院，2008年度报告显示，两个所属单位挪用科研经费254.71万元，用于以个人名义购买其他公司股份等支出；2009报告中，一所属单位，将科研经费5122万元用作其银行贷款的担保金。
中国社科院，2008年度报告显示，2个所属单位挪用财政资金1009.38万元，或修建无预算的基建工程，或赴贵州等地旅游；在隔年的审计报告中，其所属图书馆挪用空调购置专项资金10.87万元，用于购买平板电脑。
4套取资金
环保部等虚列支出套取资金
过去5年的审计报告中，环保部、民政部、质检总局、农业部、国务院扶贫办、中国社科院等6单位，均有2次及2次以上通过虚列支出等方式，套取资金记录。
2005年和2006年，原环保总局在核与辐射安全技术审评项目中，虚报冒领并拨付给自行批准设立的原环保总局辐射监测技术中心监测工作经费300万元。
2008年，环保部在中央编办未批复所属国家卫星环境应用中心人员编制的情况下，虚报该中心2008年度人员经费预算198.39万元。
环保部所属的中国环境科学学会，则在2006年至2008年，以编造虚假人员名单等方式虚列支出，套取财政专项资金56.14万元，用于发放劳务费等。
农业部，2004年至2008年，所属一单位利用伪造的178张“电话卡话费收据”报销后，套取资金15.29万元，违规发放给该中心领导班子等；2008年，所属一单位申报购房补贴预算时，虚增134人，多申报252.83万元；2010年，所属两单位以绩效工资名义，从课题经费中向单位在职人员发放津补贴85.69万元。
5资金“托管”
工信部违规滞留两亿资金
过去5年，商务部、工信部、中国科学院都曾两次被查出资金“托管”问题，即将资金交给其他单位代为核算、代为管理。
商务部2007年和2008年，将400万元专项资金拨付给与项目毫无关系的一家公司代管；2009年，又将本级收入5113.79万元，存放在所属单位，未按规定纳入部本级账户核算管理。
工信部2009年被查出，其电子发展基金创业风险投资项目应直接上缴财政的项目分红和股权转让收益等共计人民币1.46亿元、美元1118.21万元，滞留在盈富泰克创业投资有限公司。
2012年，工信部又被查出，所属软促中心通过签订虚假设备租赁合同，将科技重大专项资金416.2万元，转移至两家民营企业，在扣除37.27万元手续费后，将余额以服务费名义，转回部属其他单位。
