X女孩
此前，线粒体DNA检测结果还表明，非洲来的人类没有与其他古人类通婚。但在2011年，古人和现代人细胞核DNA的重新分析对比表明，大多数现代人，都携带了当地古人类的DNA痕迹。
事实是，现代人的祖先在10万年前离开非洲后，先后遇到了尼安德特人与丹尼索瓦人，并与之交融繁衍。
根据骨骼骨架重建的尼安德特人标本图。
尼安德特人，简称尼人，因发现于德国尼安德特河谷的人类化石而得名。30万年前，尼安德特人生活的足迹，曾遍布整个欧洲和亚洲西部。并且经历了此后的几次冰河期考验。但在2.8万年前，尼人却消失了。
现代基因组测序研究表明，大约10万年至5万年前，尼安德特人曾在中东地区与走出非洲的早期现代人发生过交融，而后，他们的后裔散居欧亚各地。
丹尼索瓦人画像。
至于丹尼索瓦人，那是3万年前上一个冰河时代的神秘人类种群。2008年，在西伯利亚南部阿尔泰山脉的丹尼索瓦洞，科学家们发现了一些人类的牙齿和指骨，一同发现的还有一些装饰品和珠宝。
指骨的主人，是一名5到7岁的小女孩，她被称为“X女孩”。其DNA检测结果显示，她既不是早期人类，也不是穴居人，而是一个此前未知的人类种群。这一发现，意味着人类族谱至少有3个截然不同的成员：现代人、丹尼索瓦人和穴居人。
丹尼索瓦人在身体结构上与穴居人和现代人存在差异，但他们也是用两条腿直立行走。他们的牙齿，与100多万年前灭绝的直立人等生存年代更为久远的人类祖先类似。
之后，科学家们从新几内亚地区的居民中取得基因样本，对比发现美拉尼西亚人至少有4%～6%的基因来自丹尼索瓦人。而东亚大陆上的彝族，受丹人血统影响也较大，与美拉尼西亚人相当——东南亚人群普遍与丹尼索瓦人有亲缘关系。
这意味着，当时他们一定在亚洲广泛分布。然而丹尼索瓦人对中国人（北京组）、日本人等的血统贡献，则小到可以忽略不计，极为微弱。