香港分会是孙中山与同盟会本部在东京之外直接领导建立的第一个分会。它除开展本地工作之外，还负责推进广东、广西、云南、福建等省的军事行动和党务工作，并负责香港与海内外同盟会组织的交通联络等事务。
不过，新成立的香港分会一度出现陈少白与郑贯公的争执。1905年夏秋，香港与内地的社会各界因为反对美国坚持推行取缔华工的政策，而掀起抵制美货运动。同年冬天，陈少白等人作为香港各界代表，与中国驻美国商会的特派代表协商，达成解决纷争的九项条件。郑贯公认为这一协议未经众人同意，应视为无效。于是，陈少白主持的《中国日报》与郑贯公主持的《有所谓报》在香港展开笔战。冯自由虽然努力调停，却无效果。
1906年4月16日，孙中山乘坐法国邮轮，从新加坡前往日本，途中驻泊香港。他专门“召(陈)少白、(郑)贯公二人至法轮，劝令和解，二人从之”[6]。次日，孙中山乘轮离开香港。孙此次抵港劝和，平息了有可能导致同盟会香港分会分裂的陈、郑之争。
同年5月17日，清朝两广总督周馥致电清廷外务部，称：孙中山现在香港居留，要求商请港英政府将其驱逐出境。该电文写道：“前接新加坡总领孙士鼎电，探闻孙文有回华作乱之谣。”“现访闻孙文改洋装，住香港公益报馆。又有同党邓子瑜住香港旅安祥客栈。前获逆党陈纯供，邓子瑜为孙文管外事，现闻招集香港匪徒，入内地勾引乱民滋乱。”“务求大部速密电英使，转电英政府，饬港督速将二逆逐出。”③电文所称孙中山在港一事，指的是这年4月16日孙中山乘船途经香港。惟据同盟会在港要员冯自由忆述，当时孙仅在船上召见同盟会在港负责人陈少白和郑贯公，并未提及孙登岸入住香港《世界公益报》。因此，孙中山此次曾否在香港秘密登岸居留，有待考证。无论如何，周馥在5月发出电文之时，孙已离开香港。因此，电文所指孙中山时在香港，应属信息错讹。但其所指同盟会要员邓子瑜在港活动的情形，却准确道出孙中山部署邓子瑜等人在次年举行粤东起义的消息。
1908年3月10日，英文《德臣西报》再次刊文，披露孙中山抵港的行踪。该文称：“孙逸仙医生正在香港。众所周知，他是中国政府悬赏20万巨款的叛乱领袖。他在泊港的一艘日轮上，该轮从新加坡前往日本的途中经过香港，他的一些同伙和他在一起。他在本港短暂停留期间不会登岸。向我们提供这一消息的人是孙的一位同党，但他对孙的行踪却缄默不言。”该文还称：“自从1901年3月4日放逐令期满以来，孙逸仙医生已访问过本殖民地，并对本殖民地的革命党事务具有影响力。”“他是一个精明的人，在他的同胞中有很大的影响。”[7]
孙中山显然不满足于秘密抵港的做法，他还渴望再次堂堂正正地在香港登岸活动。1909年8月13日，他在伦敦致函英国殖民地部，要求准许他到香港探望妻子和家人。信中首先提及1896年他在伦敦被清朝公使馆绑架的事件，然后叙述他一直在日本、新加坡等地居留，妻子和家人则留在香港。1896年，港督向他颁布为期5年的驱逐令，限期届满后，他曾经访问香港。1902年，他又被限令5年内不得再次进入香港。现在，该限期已经届满，他希望获得批准，返回香港，探访家人。信中还说，他已经在同样是英国殖民地的新加坡居住将近18个月，在此期间并未在该地造成任何骚乱。他保证在访问香港期间，不会参与任何政治事务，也不会因此而在香港长期居留。信中最后写道：“我将香港视为我的第二故乡，因为我曾就学于西医书院，我的家人现在也居住在那里。”④
早在1897年，孙中山曾经致函香港政府辅政司，查询能否重返香港。12年之后，他再次向英国政府提出返港探亲的要求。可是，港英政府再次拒绝了孙中山的要求，坚持驱逐他的命令，使得他只能远隔重洋，寄托对香港和家人的思念。
