当时，老谋深算的李鸿章在慈禧太后盲目对外宣战导致八国联军入侵北京的紧急形势下，设想过稳定华南政局的各种应急方案，其中包括在光绪帝遇害的非常情况下与孙中山合作，实行“两广独立”。基于维护英国在长江和西江流域侵华权益的立场，卜力赞成两广出现脱离清廷对外宣战体制而独立的政权。为此，他愿意搁置对孙中山的放逐令，允许孙中山在香港活动。次日，他还请求英国殖民部批准在李鸿章取道香港北上时，将其扣留，以促成“两广独立”[4]。
7月17日上午，孙中山乘日轮“佐渡号”再度泊靠香港九龙，等待李鸿章途经香港时与之会晤。然而，就在同一天，卜力接到殖民大臣张伯伦的电报，禁止他扣留李鸿章或者采取任何强制手段来干扰其行动。当晚，李鸿章乘“安平”轮从广州抵达香港。
18日上午9时，李鸿章到港督府与卜力就时局问题举行秘密会谈，决定放弃“两广独立”的预案，继续北上，担负起与列强和议以便维护清朝统治的重任。
当天傍晚，孙中山获悉李鸿章继续北上的消息，扼腕之余，连夜在船上召集香港兴中会要员会议，决定以郑士良为主将，在惠州三洲田发动起义；孙中山在海外负责筹款和接济军火。10月5日(农历闰八月十二日)，郑士良率领集结在三洲田的会党武装，举旗誓师，宣布起义。可是，在清军大举围攻下，起义军缺乏武器接济，郑士良被迫于11月1日在大亚湾遣散部众，带领起义骨干撤往香港。
清朝署理两广总督德寿在镇压惠州起义之后，随即部署暗杀在香港策应此次起义的兴中会首领杨衢云。1901年1月10日傍晚，杨衢云在香港上环结志街52号2楼教授学童学习英文时，被乔装成平民的广东水勇开枪暗杀，不治身亡。同年8月27日，郑士良在香港饮宴之后，突觉不适，遽然倒毙。
杨衢云和郑士良相继遭遇不测，兴中会在香港的秘密活动需要进行善后处理。于是，流亡日本的孙中山利用香港政府的驱逐令到期失效之机，冒险潜回香港，探访战友和家人，鼓舞同党士气。这就形成孙中山破解港府驱逐令的第三种形式，即秘密登岸活动。
1902年1月28日，孙中山乘坐日本轮船抵达香港，入住兴中会的秘密机关报——《中国日报》的报馆，即士丹利街24号馆3楼。孙中山在香港登岸居留，随即引起报刊记者的关注。2月1日，香港英文《德臣西报(The China Mail)》以《孙逸仙在香港》为题，披露孙的行踪：“举世闻名的中国改革家孙逸仙已返回本殖民地。我们通过非官方而又完全可信的渠道获悉，他正和另一位著名的改革家暂住在士丹利街。他穿着欧洲服饰，行动颇为自由。他在日本住了相当长的时间。鉴于最近一位香港改革者被绑架，以及一位担任教师的改革者在结志街被暗杀，他来到如此接近中国的地方，正冒着极大的危险。他这样做，似乎是为了进行某种十分重要的活动。我们认为，虽然本殖民地曾对他发出一定期限的放逐令，但显然此令已经过期。”
孙中山的行踪既已公诸报端，香港政府随即作出反应。在英籍警长“奉命讽使”下，孙中山于2月4日(农历十二月二十六日)乘英国轮船离开香港，前往日本②。不久，港府再度重申驱逐孙中山出境的法令，为期5年。
此次孙在港居留，为期仅一周。在这段短暂而难得的日子里，“行动颇为自由”的他去过什么地方，见过什么人，史无记载，无从稽考。他返回日本之后，监视他的日本官员分析说：“清国流亡者孙逸仙本月17日由横滨出发赴香港的目的，是与同志会合研究善后办法。到港后，有引起各国注意之嫌。本人见此情形，认为必须尽快离开英领。”[5]
1905年8月20日，孙中山与黄兴等人在日本东京成立中国同盟会，正式掀起推翻帝制、创建共和的近代中国民主革命运动。孙中山在部署共和革命的过程中，多次利用乘船抵港乃至悄然登岸的方式，直接会晤在港同盟会要员，共商革命方略。
1905年10月中旬，孙中山与同盟会多名会员乘坐法国邮轮前往越南，中途驻泊香港。原兴中会员陈少白、冯自由、李自重、郑贯公、李纪堂、容星桥、黄世仲、陈树人等专程登船晋谒。孙中山亲自为他们主持加入同盟会的宣誓仪式，各人填写入盟誓约。他们随即成立同盟会香港分会，推举《中国日报》社长陈少白为会长，郑贯公为庶务，冯自由为书记，黄世仲为交际，会所设于士丹利街24号《中国日报》社长室。该报从此成为香港分会的机关报。
