弃暗投明
“弃暗投明”，是中研院社会所所长陶孟和的公开宣称。他反对迁台，主张留守南京。1948年11月30日，他参加在京人员谈话会时就义正辞严地提出，“搬不搬要同全所同人商量，以多数人意见为依归”。
12月9日，朱家骅主持临时院务会议时，陶孟和汇报说，社会所以“全所人员多一票”的结果决定不迁。朱家骅以“出席人员中包括助理研究员不符合规定”为借口，企图否定陶孟和的意见。陶孟和针锋相对，批评朱家骅推翻社会所多数人不同意搬迁的决定，是置多数人的意志和权利于不顾。
朱家骅下令陶孟和率社会所迁桂林。陶孟和置之不理，既不组织迁桂林，也不做迁上海的准备。他患心脏病，单身住在研究所办公室主持所务，给所里工作人员打气。他对大家说：“朱家骅是我的学生，我可以顶他，他不敢把我怎么样。”
4月20日，“国共和谈”破裂。4月24日，代院长朱家骅召集院务会议，在会议上，中研院的成员同意了迁台的决议。但会后不久，情况生变。就在朱家骅南下广州期间，原来愿意撤退迁台而集中在上海的中研院人员约40余户全改变了主意，决定留在大陆。除了史语所和数学所外，所有的研究所都拒绝迁台。
地质所所长李四光与朱家骅的关系甚佳，同是地质所创办人。1948年2月，李四光出席在伦敦召开的第18届国际地质学会，偕夫人许淑彬赴英，并经挪威接受奥斯陆大学授予的哲学博士学位。当时，朱家骅越过李四光，直接要求地质所南迁广州。地质所代所长俞建章以国民党党部区部书记之身，服从了朱家骅的决定。但研究员许杰、赵金科等密拟了“反对搬迁誓约”，签字的有11人，并密告在英国的李四光所长。1949年1月末，李四光给俞建章发来专电，他认为搬迁“只好任有志者前往；若为地质所同人避乱似无多大意义，我个人绝不赞成。”
史语所整体迁台，但也有一批人选择留下，其中不乏傅斯年的亲朋故旧。
傅乐焕是傅斯年亲自养育的亲侄子。他在傅斯年的资助下，于1947年赴英国伦敦大学亚非学院进修。以往他给伯父的信，只谈学问、家事和所务，从不涉及政治。1948年4月3日他在给傅斯年的信中说：
昨间接闻人言，我叔近在美常作演讲，协助政府。在美部分左倾学生，颇为失望。今日政府之颓局，全他们自己造成，不值得为之过分分神也。
两年后，傅乐焕以论文《捺钵与斡鲁朵》获得伦敦大学博士学位，很快就从英国直接回到红旗下的北京。
最后遗响
1949年12月18日，解放军的炮火已威胁到成都机场，蒋介石不得不在匆遽之中搭乘专机离开。同天稍早，朱家骅率同国民党当局行政院官员飞离成都抵达台湾，继续以行政院副院长身份代理中研院院长。
随国民党当局到台湾的院士一共只有凌鸿勋、林可胜、傅斯年、董作宾、李济、王世杰、吴稚晖、朱家骅、李先闻等9位，另外去了美国的有陈省身、李书华、赵元任、汪敬熙、胡适、吴大猷等12人，其余50多位院士留在大陆。中研院原有500多人，除了总办事处、史语所和数学所三个单位共50余人以外，其余各所全都选择留在大陆。数学所原有研究和行政人员18位，去台的也仅4位研究人员和1位行政人员，所长姜立夫完成搬迁任务后，坚辞所长之职，返回大陆广州任教职。史语所原有41位研究人员，也仅20位去台(另有2位赴美)，规模基本上维持完整。
1957年4月3日台北，中研院代院长朱家骅在第三届评议会第一次会议的开幕词及院务报告中，总结回顾了搬迁失败的原因：
当时币值日日下泻，无法保证计划运用，达于极点。然经多方奔走设法，各机关若肯帮忙，尚不至陷于全无办法之处境。乃和谈之议，既鉴于已往西迁八年播徙所受之艰苦，复困到台后之同人，生活起居亦十分困难，安土重迁，自难免存观望之念，不立即设法启程……本人之一切努力，至此悉成虚掷。
1949年6月9日，在新生的土地上，一批留在上海的研究人员发起召开了中研院成立21周年纪念会。中共高级将领陈毅莅会。先是竺可桢半个小时的发言，报告中研院的历史，提及蔡元培、丁文江，尤其是杨杏佛的筚路蓝缕之功。
6月17日，中研院被军管会正式接收。9月27日，中国人民政治协商会议第一届全体会议通过《中华人民共和国中央人民政府组织法》，规定在政务院之下设“科学院”，为负责组织全国科学工作的行政部门。
11月1日，中国科学院（以下简称“中科院”）在北京成立。首任院长郭沫若，副院长陈伯达，另外三位副院长分别是原中研院地质所所长李四光、社会所所长陶孟和、气象所所长竺可桢。中研院的大部分人员、图书、仪器等，成了新中国发展科学事业的基础和重要力量。
1949年12月，李四光正在做回国的准备。一位朋友打电话告诉他，国民党政府驻英大使已接到密令，要李四光公开发表声明拒绝接受职务，否则就要被扣留。李四光当机立断，只身离开伦敦来到法国。两星期之后，夫人许淑彬接到李四光来信，说他已到了瑞士与德国交界的巴塞尔。夫妇二人在巴塞尔买了从意大利开往香港的船票，于启程秘密回国。1950年4月中旬莅临上海，中科院华东办事处各研究所人员热烈欢迎李四光，并召开了座谈会。
下午，全体人员举行简单的欢迎会，由李亚农主席主持，他说：“我们中国科学院同人，每天都在热烈盼望李副院长回国。李副院长经过种种困难，尤其是国民党反动派深恐他回国增加人民的力量，不惜勾结英帝国主义阻挠，但仍阻止不住李副院长投向祖国的热情。这是值得敬佩的。相信他回国后对国家社会一定会有更大的贡献。”
1949年如一柄历史的长剑，最终切割了中研院厚重的过去；最终划开了中研院同仁间那道汹涌澎湃的海峡。所谓最终，对于中研院来说，永远不复过去的使命与辉煌；对于走的人来说，那是最后的机会；而对留下的人来说，无疑亦是新的开端……
本文写作参考了李扬编著的《国立中央研究院史》（中国社会科学院图书情报工作杂志社1998年内部资料），台湾?“中央研究院”编写的《追求卓越—中央研究院八十年》，谨此说明，并向作者致谢。