仓皇去乡
1948年秋冬之交，国内战争的焦点逼近长江，国民党当局的机关单位纷纷南迁。中研院植物研究所李先闻院士率家人首先离去。临行前，他告别同仁时，几乎所有的人都劝他不要走，认为国民党失去政权只是改朝换代，共产党来了也同样要从事科学研究，没有必要千辛万苦地离开。其实，他的走是为了去台湾研究热带植物，他在台试验推广甘蔗的新品种已有数年，被台湾人誉为“甘蔗之神”。
11月，故宫博物院理事会理事长翁文灏在其南京住宅召开谈话会，研究文物去向，与会者有故宫博物院和中央博物院筹备处（以下简称“中博院”）的理事朱家骅、傅斯年、李济、徐森玉、杭立武等人，会议作出了选择精品文物运往台湾的决议。初步决定精挑文物600箱，后扩大挑选范围，选出文物3824箱，其中北平故宫博物院2972箱，中博院852箱，还有中央图书馆及北平图书馆的善本图书和外交部条约档案等。与会者还商定利用此便，将史语所和数学所的图书、文物和仪器也迁移到台湾，包括殷墟出土的甲骨文和铜器、汉代居延汉简、宋代以来的善本书、明清内阁大库档案、拓片7万纸、民间文学逾万册，和中西文图书约15万册，装了两千多箱。所有物资，分三批陆续运往台湾。
当时，中博院总干事曾昭燏代表中国参加联合国博物馆协会，听说文物将运往台湾，她认为十分不妥，于12月7日致函筹备处主任杭立武：
此次遵照理事会决议……运出文物在途中或到台之后，万一有何损失则主持此事者，永为民族罪人，职对此事虽无责任，然为本院保管文物已七八年，对于诸物有浓厚之感情，知有各种危险，岂可缄然。
12月22日，国民党海军首次派出“中鼎”轮装载文物起航，由李济督运开往台湾，于28日抵基隆港。1949年1月6日，运载文物图书资料的“海沪”轮起航，9日驶抵基隆港。
中研院社会所所长陶孟和得知文物图书运台的消息后，在1949年3月6日的《大公报》上发表署名文章《搬回古物图书》。他说，对于这种搬迁，“我们积极地反对，我们严厉地予以斥责。我们主张应该由政府尽速将它运回”，“这些古物与图书决不是属于任何个人，任何党派”，“它们是属于国家的，属于整个民族的，属于一切人民的”。
在这个改朝换代的易辙之时，史语所人心惶惶，就是傅斯年也曾一度动摇。据陈槃回忆：
自三十八（应为三十七—作者注）年冬，首都告警，群情惶急，不知所以为计。一日，师（傅斯年）召集同人会议，惨然曰：“研究所生命，恐遂如此告终矣。余之精力遂消亡，且宿疾未愈，虽欲再将研究所迁至适当地区，使国家学术中心维持得以不坠，然余竟不克荷此繁剧矣。今当筹商遣散。虽然如此，诸先生之工作，斯年仍愿尽其最大努力，妥为介绍安置。”
同人此时，以学术自由之环境已受威胁，于多年生命所寄托之研究所，亦不胜其依恋可惜。一时满座情绪，至严肃悲哀，有热泪为之盈眶者。
师于是不觉大感动，毅然曰：“诸先生之贞志乃尔，则斯年之残年何足惜，当力命以付诸先生之望耳。”
本所迁移之议，于是遂决。
史语所历史组王叔岷在渡海前夕写下自己的感受：
史语所连同故宫博物院、南京博物院、中央图书馆珍贵文物搬运上船，由下关出发，驶往台湾，茫茫沧海，碧鸥绕樯翔舞，久久不去。去乡之情，情何以堪!
狂饮佳酿
史语所大部分人已迁台，手忙脚乱的朱家骅又让傅斯年临危受命，负责抢运平津的一批学人。当时运输工具十分紧张。1948年11月10日，傅斯年直接面见蒋介石。蒋指定此事由傅斯年、陈雪屏、蒋经国三人共同负责。当时他们商定，要接的学者分四类：各院校馆所的行政负责人；因政治关系必须离开者；中研院院士；在学术上有贡献者。史语所秘书那廉君参与此事，据他后来回忆：
1948年末，北平局势紧张，孟真先生那时在南京，千方百计联络接出尚在北平的一些学人……而替他办事的，却只有我一个人，因为那时候史语所同仁早已到了台湾……
我跟孟真先生东奔西跑。他整天地跑教育部、国防部、交通部、青年部，其辛劳情形除非实际参与其事者，无法加以想象。有时候跑到中午，赶不及回去吃饭，照例的是在新街口“三六九”各吃一笼包子，孟真先生心事重重，彼此对坐闷吃，默默无语。一直到最后一批飞机从北平飞到了南京，我们招待这些学人住在史语所的大楼里面，这才松了一口气。被接出北平城的有钱思亮、陈寅恪、毛子水、英千里等人，多数是知名学者。
12月17日，在南京的中研院礼堂，从北平仓皇出逃的胡适出席了北大同学会五十周年校庆大会。胡适在会上痛哭致辞，据次日《申报》报道：
胡氏之报告，一再说明渠如一逃兵，不能与多灾多难之学校同度艰难。……且称“乃一不名誉之逃兵”。声泪俱下，与会者几同声一哭。……旋复由朱家骅、狄膺致词后，即至隔室痛饮佳酿，据校友会报告，所储佳酿共计百斤，但愿狂饮，不欲剩余……
1949年元旦之夜，南京城中一派死寂。胡适与傅斯年共度岁末，置酒对饮，瞻念前途，潸然垂泪。 1月５日，陈诚就任台湾省主席，即致电傅斯年，要他迅速赴任，接手台大，“共负鉅艰”。离开南京的那个寒夜，胡适、傅斯年夫妇在前，那廉
君随后，相继走出史语所的红门，众人心事重重默然无语，工友老裴红着眼圈，对他们说：“等着你们快些回来！”
被列为学人抢救头号人物的史学大家陈寅恪，离开北平后先到上海，后留在广州，再没有继续南下。