当时光绪帝尚在人世，但这并不是珍妃没有葬入光绪皇陵的原因。在封建社会，皇帝一般在登基之后就开始为自己寻找“万年吉地”、修建陵寝。一些先于皇帝离世的皇后、嫔妃，会被安葬在已经修好的皇陵之中。但珍妃投井而亡，乃至她的尸身被捞出，葬于恩济庄宫女墓之时，光绪的陵寝连一砖一瓦都还没有。
光绪这个一直被慈禧操控于掌中的皇帝，在位33年，不但皇权虚掌，他的陵墓直到死后才开始修建。反倒是慈禧，虽然逝世仅比光绪晚十几个小时，但位于清东陵的陵寝早已建好，而且又按她的旨意经过了扩建大修，直到其豪华程度超过了东宫皇太后慈安，这才满意。
从慈禧崩亡到棺椁抵达东陵，其间将近折腾了一年，最后总算于宣统元年(1909年)十月初四，将棺椁葬入菩陀峪定东陵地宫。整个殡葬共耗费白银达120多万两，为大清历代帝王后妃葬礼之最。
位于河北遵化的清东陵，是清入关后不久就划定的皇家陵园，第一帝顺治和第二帝康熙先后葬在了那里。第三帝雍正改弦易辙，把他的陵寝建在了易县泰宁山下，从此出现了东陵和西陵两个陵园。这就为以后的清帝提出了一个不能回避的问题，即以后陵寝应建在东陵，还是建在西陵？
第一个面临这个问题的是乾隆，他也为后世立下规矩：“昭穆相建”，也就是东陵安葬一位皇帝之后，继任者要葬在西陵。也正因此，他为自己在东陵建造了裕陵。
不过，“昭穆相建”的规矩并没有被严格遵守。道光帝的陵寝原本应该建在东陵，但陵已经修好，逝世的皇后已经入葬那里，却发现陵寝漏水。于是道光拆了东陵的陵寝，改在西陵重新修建自己的慕陵。
按照清朝皇帝陵寝择址的制度，光绪本应和咸丰一样安葬于东陵。那样就会出现他和慈禧这对“冤家”比邻长眠的局面。但现实情况是，慈禧葬于东陵，而光绪葬于西陵。
这一次破坏“昭穆相建”规矩的是慈禧。同治是慈禧的亲生儿子，也是咸丰唯一的儿子。也许是不愿与儿子分开，慈禧把青年暴亡的同治帝的陵寝安排在东陵，确定陵名为惠陵。于是，光绪只能在西陵为陵寝选址。
关于光绪葬地的选择，多半认为是直到他驾崩后，才由新登基的宣统皇帝溥仪之父、醇亲王载沣，派人在西陵界内找了一块叫金龙峪的地方，兴建陵寝。但清西陵文物管理处的资料显示，光绪十三年(1887年)时，光绪帝就已经为自己选好了位于金龙峪的墓地，许多史料确认光绪皇帝生前拜谒西陵和选定万年吉地的史实。
据传说，金龙峪此前的名字叫绝龙峪。为光绪陵寝选址的堪舆人员看中了这里的风水，但“绝龙”二字太不吉利，遂把这里改成九龙峪。碰巧的是，光绪皇帝是清入主中原第九代“真龙天子”，联系到此地的前名，“九龙至此，绝无后续”，更不吉利了。王公大臣再三商讨，最后定名为金龙峪。
