率先提出平反冤假错案
在“文化大革命”中，林彪和江青两个反革命集团制造了大量的冤假错案。粉碎“四人帮”后，由于当时的一些中央领导人奉行“两个凡是”的方针，这些冤假错案并没有得到平反。相反，一些新的冤假错案还在不断产生。目睹这一情况，陈云心中很着急。他率先提出了平反冤假错案的问题。
早在1976年粉碎“四人帮”不久，陈云就以一种特殊方式，向中央提出了善待黄克诚的意见。11月25日，他致信叶剑英并转华国锋，信后附上了黄克诚夫人关于请求允许黄克诚回北京治疗眼疾写给华国锋、叶剑英的信。陈云在信中写道：黄克诚是红三军团的老干部。军队干部对他比较熟悉。解放战争时期他带新四军第三师到东北。全国解放后，他担任总参谋长时参加中央财经小组与我接触较多，曾有几次应我要求调动军队汽车支援河北农田基本建设，感到他是照顾全局的，为人是克己朴素的。他的眼一只已瞎，另一只也很危险，为了治愈他唯一的一只眼睛，请考虑调他回京治疗。陈云的意见被中央政治局所接受，同意调黄克诚回北京治疗眼病。
提出给黄克诚治病这件事，只是陈云推动平反冤假错案的开始。此后，他从具体事情入手，多次推动平反冤假错案。
1977年8月23日，陈云在同遵义会议纪念馆来访人员谈话，回答有关遵义会议等历史问题时，提到了刘少奇和张闻天，认为刘少奇、张闻天二人也对遵义会议上确立毛泽东的领导地位起了作用。当时，刘少奇、张闻天二人均是党内确定了的反面人物。陈云能为他们说句公道话，这在当时是需要很大的勇气的。同年9月26日、27日，陈云两次应邀前往中国革命博物馆审查《中共党史陈列》，再次提到了刘少奇，并且指出所谓刘少奇的“和平民主新阶段”问题，这句话不要再提了，这是见之于文件的。陈云讲这些话，具体涉及到了对刘少奇历史功过的评价问题，其中心意思就是：过去我们给刘少奇定的所谓“罪名”，其中是有问题的，这为他后来提出为刘少奇平反作了很好的铺垫。
1978年1月3日，陈云就转送胡耀邦关于王鹤寿“历史问题”的来信一事，致信华国锋并叶剑英、邓小平、李先念、汪东兴，指出：王鹤寿是1937年国共合作时我党从国民党监狱中要出来的，在审查党的七大代表资格时，从当时的所有材料看，他的历史是清楚的。建议由中央组织部把他的材料再审查一次，并把他调到北京治病。在陈云的建议下，王鹤寿从外地回到北京，并恢复了党的组织生活。
1978年4月24日，陈云就转交曾志关于陶铸历史问题的来信一事致信华国锋并叶剑英、邓小平、李先念、汪东兴，指出：此案牵涉到一大批省部级干部，弄清陶铸问题非常必要，建议由中央组织部主持，会同专案组，将全部案卷和有关人员都调到北京，再审查一次。
陈云率先从几件事情入手，提出平反冤假错案问题，在党内产生了重大影响。一方面，许多蒙冤受屈的干部及其家属从此敢于向组织提出平反问题了；另一方面，有陈云这样的老同志带头提出平反问题，固守“两个凡是”的人想压制平反冤假错案也压制不了。正是在陈云的推动和支持下，中央逐步开展了平反冤假错案的工作。
