有一次，陈修良因穿了一件有垫肩的外套，柯庆施竟然拍着陈的肩膀、当着许多战士的面说：“大家看看，这就是资产阶级服装。”故意羞辱陈修良。就这样，解放后的南京市委组织部部长陈修良和原南京地方的党员，即被围困在谣言四起的压抑环境中，工作十分困难，思想极为痛苦。在全国解放前夕，为了与南下干部区别，党内出现一个新名词“地下党”。在建国后成为中共另类党组织的代名词，具有很强的贬义。历次运动中凡发现有“地下党”历史背景，可以成为审查和打倒某个人政治问题的充分理由，到“文革”时更是登峰造极。他们的逻辑是：凡“地下党员”如果没有成为烈士，活下来的就一定是叛徒或潜伏下来的特务（南京以外的一切城市工作的地下党员，无不如此）。所以可以现作为“叛徒特务”关押起来，进行打击和迫害，再进行审查。结果南京的地下党员2000人，后半生在历次运动中受尽屈辱和迫害，许多忠诚的同志，没有牺牲在敌人的屠刀下，却被害死在“红色冤狱”中。活到“文革”后获得平反的，也已无法挽回逝去的岁月。

　　对所谓地下党的几种整肃，在南京解放后很快到来。华东局第一书记于9月17日在南京国民大会堂召集了一次南京市支书及排以上干部党员大会（也称4000人大会）。会上的报告题目是《论忠诚与老实》，吹响了对南京地下党进行全面整顿（实为打击与迫害）的号角。

　　这个报告，在不作起码调查的基础上，以听信党内上述种种谣言为依据，推翻刘伯承所作的“会师是成功的”结论，竟说“南京会师不好”。而主要原因是原南京市委在淮海战役后，组织大发展，致使大量“反革命分子混进党内来”，竟不顾事实把南京党员数夸大为七八千到一万人。报告还借用毛泽东在延安整风时的话说：南京党内存在着三种人：“一条心”的（与党一心一意）；“两条心”的（混进党内的破坏者，即反革命）；“半条心”的（包庇反革命的，组织上入党，思想上没有入党的）。把责任指向陈修良，说就是党内“半条心”的在包庇“两条心”的反革命。所谓“包庇反革命”是因为陈修良经过核实，认为那位与解放军吵架的邮政科科长不属于反革命。报告说：地下党在解放南京问题上要与解放军争功。保护了总统府，就想党总统了！陈在会上当即递条子指出，所举事例，均属不实，却遭到讥讽训斥。

　　报告还用根据地及解放军的党史“大儿子”、地下党是“小儿子”这种封建继承制的定位法，说明从南京开始所有长江以南解放城市的领导班子，必须以前者为主，后者必须拥护和服从，否则就是“不老实”。

　　在听完这个报告后，陈修良气愤得浑身发抖，同志们都散去了，她却坐在原地，站不起来。因为她无法与大人物平等对话，澄清事实，讨还公道，并且必须在会后，由她领导的原南京“地下党”进行集中复习和整顿，还要她作违心的动员报告，拥护这个报告，检查自己的“错误”。

　　整党开始不久，陈修良到北京出席亚洲妇女代表大会，接着又作为中国党政代表团派赴苏学习“老大哥”的治国经验。半年后当她回国时，看到了南京整党运动报告真感到触目惊心。

　　1950年4月在柯庆施主持下的南京市委，给中央和华东局的整党报告中夸大其词称：“地下党员近二千人中，淮海战役以后发展的约有九百余人；过去发展党的方针有偏差手续不严格，比较偏重青年知识分子，在旧警局人员及一般公教人员中过分放手；解放后又未坚决执行中央和华东局停止发展的指示，如电信局在解放前后几天突击，有一人一天发展八个党员，南大支部原只有二十九个党员（正式只六个），解放时发展到二百五十余个（九倍），因而必然带来了组织不纯的情况，学区系统（大、中小学）已坦白反省参加过其他党派、社团、封建组织的有202人（全数822人）；工区535个党员中，地下党员占364人，其中有政治关节和历史关节的有200人；不按入党手续的253人。”（《中国共产党南京市委会关于整党学习情况给中央、华东局的报告》，1950年4月20日，打印稿）

　　所有这些所谓的有政治问题的党员，都被严重处理，并在解放后的历次运动中受到残酷的冲击。而在“文革”后平反冤假错案工作中，却未发现一个坏人混进南京党内。历史是公平的，但是这个公平又来的太晚了。几乎所有的原南京党员受尽各种屈辱与磨难，直至1979年后南京“地下党”问题才获平反。许多人已经含冤逝去。

　　公开出版的毛泽东军事文选中，对解放战争中其他战役，指示很多，很详细，唯独对渡江战役最少，只有一份。但他对南京局势最为关注。因为这关系到“建国大业”。他写出了“钟山风雨起苍黄”，为此，对解放后的南京局势，他极度关注：不对进城表现如何？解放军与他派的南下干部与地方党会师情况如何？“土八路”进国民党首都这个大城市后如何管理？等等。当他知道解放军进城后像“闯王进京”，大行抢掠，甚至从“美国之音”中听到部队闯入美国大使馆，引起美国政府的抗议时，他怒不可遏。他绝不做“李闯王”、“洪秀全”。于是，除立即电令立即纠正外，全国总结了“南京经验”，经过精心策划，做出了以下两条重要决定：

　　一、必须整顿军队纪律，在南京以后解放的城市中，特别是下一个上海，必须使军队进城后秋毫无犯。

　　指示到达已在丹阳的总前委，陈毅在驻丹阳的部队中也了解到军队中确有如南京那样的情况。5月10日他在丹阳大王庙院子里向军队干部和接管干部作报告，严肃指出：“这种情形不搞好，到上海一定要天下大乱。”指出“我们野战军的‘野’，在城里不能‘野’！吸取南京的教训，总前委和华东局还对部队进驻上海后的驻地不知、入城程序、入城纪律、涉外问题都作了周密部署和具体规定，还就入城纪律作了演习。真正做到“持军整齐，秋毫无犯”，军队进城后不进高楼大厦和民宅，而是露宿街头，获得中外舆论的一致好评，与解放南京形成强烈对比。

　　二、明确规定新解放城市的领导班子，必须“以南下干部为主”。陈毅在把上海坚持了十几年的秘密斗争做出了极大贡献的上海领导刘晓叫到丹阳，令其向尚在上海地下斗争的其他领导同志传达，必须绝对执行，并特别强调“地下党的主要认识是在配合与协助解放军，当上海解放后，地下党的任务即告结束”；“要真正从思想上使全体地下党员了解以解放军及解放军区干部为主体的重要性，因为他们不仅有长期政权工作与接管城市的经验，而且他们多年在中央直接领导下，对党政策由研究和了解。他们是我党政治影响的代表，他们代表着一种伟大力量”。反复叮咛：“解放军进入上海后……执行军管会一切决定……党的接管工作委员会，以军事代表为主任，并须坚决服从军事代表，此点万分重要，也须作思想准备，希特别注意。”（南京党史办编：南京革命斗争《大事件》，第426-427页，打印稿。陈修良保存资料）