在总共37个职位中，原南京市委只有5人（下划线者），而且多为副职，（南京市军管会名单和南京市军管会各部负责人名单，1949年5月公布，存南京市档案馆）

　　进城后的干部配备，中央在1949年2月3日已早有准备：“如南京国民党不准备集中兵力守南京等城，我们可能于三月或四月占领南京。华东、华中调动集中及训练一万五千名干部的工作，应立即动手去做，并于二月底前去徐州集中待命。华北局所派一万七千干部在石家庄训练，交华东局率领随华野、中野向江南前进。哈尔滨、沈阳、唐山、天津、北平的城市工作干部，准备抽调相当数量去接收上海、南京、苏州、杭州诸城。”（总共中央发出《关于调度准备随军渡江南进干部的指示》，1949年2月3日，中央档案馆藏）也就是准备派出大量北方干部接收江南城市。这说明全国胜利前夕，中央早就决定排斥原地方干部的方针。

　　解放南京给陈修良带来了极大的振奋，很快被无数的困惑和谣言所代替。作为前市委书记和现组织部长的她被推到了会师后的南下干部与地方干部冲突的风口浪尖。在管理城市的问题上，没有现代技术知识的农民出身的干部很难胜任承担厂长、校长、经济部门管理这种负责工作，当陈修良按照宋任穷的意思，把原地下党配备担任副职以后，就有外来干部向上反映：“副职全是地下党的，想要与我们平分秋色。”

　　在南下干部优先已任命之外，还有些空缺的领导岗位，市委要求组织部提名，市委党委会议上批准。陈修良根据党的干部标准，把一些经过考验的原市委领导人分配到政府和群众团体的领导岗位上。柯庆施等人就说陈修良搞“本位主义，任人唯亲”。

　　还有人暗中挑拨离间，说会师以后，南京地下市委还在秘密开会。传到刘峰、朱启銮同志的耳边，他们很奇怪，一再打电话给陈修良，要求面晤。陈说：“我恐因此更惹起是非，没有同意碰头，但谣言仍在流传，日子很不好过。”

　　陈修良以前在策反和情报工作中，曾经强调为了配合解放军解放南京，“使战士少流血”，却被说成“言下之意好像地下党很有力量，可以不依靠解放军打进来，就能先解放南京。”（陈修良工作笔记）柯庆施在一次常委会上说：“过去地下党同志有一个口号叫做‘保管好工厂，将来就好当厂长’，那么说，你保护好了总统府，总统就是你当了？”（陈修良《关于南京党的几个问题》，1969年6月4日，手稿）陈修良当场驳斥没有这回事，但邓小平却相信了。后来在南京全体干部4000人大会上，也当着大家的面批评陈修良。

　　南下干部不相信原南京干部是真革命者，经常把原南京当的秘密活动视为是国民党“特务”工作，就经常跟踪后者，看他们是否与暗藏的敌人接触；有的未经批准在驻地抓特务，除上述错捕两个原秘密党员外，公安局发现一个为蒋介石接电话的党员，认为他是“特务”加以逮捕，经过了近30年，“四人帮”垮台后这位同志才经流放地回到南京平反。人生的主要经历都在冤狱中度过。

　　一位原秘密党员由于工作出色，解放后当了公安局的邮政科科长。另一个南下干部不服气，千方百计找他的茬儿，有一次两人吵架，科长一发火，把枪在桌子上一拍。于是就造谣地下党员要“枪毙共产党员”。此事反映到市委，把这位科长当作反革命抓了起来。陈修良作了调查，认为是误会，不是反革命，应该批评教育。在4000人干部大会上，南下领导人又以此为例，说：“一个公安局的科长，要枪毙一位共产党员，还不是反革命吗？”结果在接着进行的整党运动中，这位科长被整治的死去活来，自杀了。

　　胜利会师时，陈修良和秘密党的干部来不及换装，仍穿旗袍、皮鞋、西服。于是在解放军官兵中，流传起这样一个描述城市妇女的顺口溜“

　　头发是火烧的——烫发。

　　胳膊是摸鱼的——旗袍和短袖衫。

　　腿是过河的——小腿外露。

　　鞋是跌人的——高跟皮鞋。