地图标注的红色地区为中印争议领土。
第三阶段，是中央作出中印双方从边界后撤的决定后。这个阶段主要打的是外交加政治仗。11 月7 日，周恩来受中央委托，代表中国政府致信尼赫鲁，提出“中印两国的武装部队立即从东边的所谓麦克马洪线和西边的双方实际控制线各自后撤二十公里；在双方撤出武装部队的地区，双方保证不再派遣武装人员驻守和巡逻，但是仍然保留民政人员和非武装的警察，以执行行政任务和维持秩序”（周恩来致尼赫鲁的信，1959 年11 月8 日。引自《人民日报》1959 年11 月10 日。）。中国的合理建议并没有得到印度的积极响应。11 月16 日，尼赫鲁在回信中提出一个反建议：在东段和中段，只要双方“前哨站不派出巡逻队”就够了；在西段， 主张中国军队“撤出朗久”，印军“将不重新占领它”。（参见尼赫鲁致周恩来的信，1959 年11 月16 日。）这个反建议，实际上“是从两国早已同意的暂时维持边境实际存在的状况的原则后退了一大步”（周恩来致尼赫鲁的信，1959 年12 月17 日。引自《人民日报》1959 年12 月19 日。），是很不公平的。澳大利亚学者马克斯韦尔就此评论说： “实施尼赫鲁的建议，印度只需撤出一个哨所，即碟穆绰克，它位于争议地区东南端， 方圆约五十平方英里；而中国方面就要撤出大约两万平方英里的土地。”（《印度对华战争》，第148 页。）
中国没有因为尼赫鲁的态度而改变方针，而是进行了耐心细致的工作。为了维护和平局面，中国继续呼吁，通过友好协商的办法解决边界争端，并派周恩来赴印度同印度领导人会晤。赴印度之前，根据中央和毛泽东的指示精神，周恩来制定了周密的会谈方案，并确定了会谈的方针：“争取就某些原则问题，或者具体问题达成协议，使目前的形势进一步和缓下来，为今后继续会谈和向合理解决准备条件。”
方案还对会谈中可能出现的几种情况确定了不同的对策：
第一，如达不成任何协议，即采取达成两国总理继续会谈的谅解，并发表一个简单的联合新闻公报；如这一点也办不到，只能由双方分别发表声明，中国的声明中可以表示仍愿遵守和平共处五项原则，维护中印友谊，维持边界现状，避免边境冲突，并且愿意继续会谈，寻找解决问题的途径。
第二，如达不成协议，对方还愿意保持一个良好的气氛，可争取发表一个互表善意的共同声明，包括重申和平共处五项原则和万隆精神，继续发展中印友好关系，继续会谈寻求边界问题的和平解决，避免边境的军事冲突等内容。
第三，如果全面解决边界问题不可能， 但也不是完全不解决，除发表上述共同声明外，为防止边境冲突和和缓气氛，争取就具体问题达成若干协议，即成立边界问题联合委员会或者类似组织，寻求解决边界问题的途径，为两国总理继续会谈进行准备；双方武装人员各从实际控制线后撤20 公里或者双方同意的一定距离；建议双方对有争执的地点互不驻军。（参见《中印两国总理关于边界问题会谈的方案（草案）》，1960 年4 月5 日。）
从这份方案可以看出，中国的态度是真诚地期望能够解决问题。遗憾的是，印度在谈判中依然坚持过去提出的观点，总是在具体问题和枝节问题上纠缠，并把责任推到中国。比如，印方强调：中印边界已经划定， 如果说没有划定的话，只是没有在地面上标出来，中国把不是问题的问题变成问题，因此引起了争论；中国的地图和印度的地图不同，中国的地图是老地图，中国应该修改地图；因为中国方面说边界没有划定，所以中国就提出了领土要求。又如，关于边界的具体划定，印方坚持认为，在东段应该承认“麦克马洪线”，不需要再进行任何商谈；在西段硬把属于中国新疆的阿克赛钦地区说成印度的领土，指责中国在那里修建的新藏公路是侵入印度。 （参见周恩来与尼赫鲁的会谈记录，1960 年4 月20 日、24 日；周恩来与印度国防部长梅农的谈话记录， 1960 年4 月20 日。）可以说，印方在谈判中没有提出任何一个积极的对双方有约束性的合理建议。
谈判“要寻找合理解决的途径”，“必须有某些共同点”（参见周恩来与尼赫鲁的会谈记录，1960年4月22日。） ，这是周恩来长期领导谈判工作得出的经验。周恩来根据双方谈判的情况归纳出五个方面的共同点：关于边界是否确定问题，共同的认识应该是，“边界没有确定，要经过谈判确定”，“合理、对等、友好地解决”；双方的边界虽然没有正式划定或确定，但是存在着一条实际控制线，双方可以考虑，把这条线作为划界的根据之一； 关于划界的地理条件，分水岭是其中之一， 但不是唯一的条件。此外还有河谷和山口， 也都应该同样适用于边界各段；不应该对不属于自己管辖的地区提出领土要求；双方要照顾民族感情。（参见周恩来与尼赫鲁的会谈记录，1960年4月22日。）这五点，印度没有提出不同的意见。
经过中国方面的努力，这一阶段的谈判虽然没有取得显著成效，但是，中国在政治上取得了主动。周恩来回国后曾说：尼赫鲁说我们不愿意去谈判，我们去谈判了；说我们提出领土要求，我们没有提出。这样，就“把他孤立起来了，证明我们愿意解决问题， 他不愿意解决问题，我们取得了主动”。（参见周恩来在国务院会议上的讲话记录，1960 年5 月26 日。） 中印边界冲突以来的紧张局势在一段时间内缓和下来。