1958年11月25日，三门峡工程开始黄河截流。1960年6月高坝筑至340米，开始拦洪，同年9月关闸蓄水拦沙，是年潼关以上渭河大淤，淹毁良田80万亩，一个小城被迫撤离。库内的水位在涨，库区的农民一批批挥泪踏上离乡背井之路。
这一切不几乎都在黄万里的预见中吗？其实，黄万里只是本着科学家的良知，说出了关于黄河及泥沙与三门峡大坝问题的科学的真话，可是他被非民主决策击败了，他成了“反党反社会主义的右派分子”。
于是三门峡工程改建的“两洞四管”方案确立。改建的四条钢管于1966年7月投入运用，增建的两个隧洞分别于1967年8月、1968年8月建成，水库淤积开始减缓，排沙能力依然不足，潼关以上河床“翘尾巴”淤积还在继续。
课堂上的黄万里教授
事实虽证明真理在黄万里一边，但令人伤心的是，有些人反而迁怒于提出正确意见的黄万里。1961年，黄万里“奉命在密云劳动，与昌黎民工同居同食同劳，所居半自地下掘土筑成。”“文革”中更贬他到三门峡挖厕所以示惩罚。
三门峡工程的一切问题和灾难都按黄万里的预言来了。我们从这一重大失败中总结教训，可以使我们获得大量思想资源。但传统文化的惯性却导致一些人要隐瞒真相，歪曲事实，混淆是非，为自己、为大人物、为尊者，文过饰非。