1957年6月，由周恩来总理主持，水利部召集70名学者和工程师在北京饭店开会，给前苏联专家的方案提意见，谈看法。参加这次会议的所有专家学者，除了一位名叫温善章的人提出改修低坝外，只有 黄万里一人，从根本上全面否定了前苏联专家的规划，其余的人异口同声，赞成三门峡大坝上马，认为三门峡大坝建成后，黄河就要清水长流了。研讨会开了10天， 黄万里参加了7天，也辩论了7天，到最后，会议就成了以他为对象的批判会。
孤身反对三门峡工程，被划为“右派”
957年上半年，三门峡工程即将开工。黄万里在水文课堂上给同学们讲述了他对三门峡工程的看法，一是水库建成后很快将被泥沙淤积，结果是将下游可能的水灾移到上游成为人为的必然的灾害。
病床上的黄万里教授
二是所谓“ 圣人出黄河清 ”的说法毫无根据。因为黄河下游河床的造床质为沙土，即使从水库放出的是清水，也要将河床中的沙土挟裹而下。
在课堂上，他对“圣人出黄河清”的说法甚为不屑，使人觉得这种说法实出于政治阿谀而缺乏起码的科学精神。
早在1956年5月，黄万里就向黄河流域规划委员会提出了《对于黄河三门峡水库现行规划方法的意见》。这篇文章刊于《中国水利》1957年第八期，并收入了《三门峡水利枢纽讨论会资料汇编》（1958年4月水利电力部印）。意见书全面否定苏联专家关于三门峡水库的规划，而不是只在个别问题上持不同意见。 在反右期间，向一个党支部书记提意见就是“反党” 。指名道姓地说邓子恢副总理的报告“不正确”。光这一句话就够右派了。