1986年10月4日，习仲勋等会见参加中华全国归国华侨联合会成立30周年纪念大会的代表。前排左起：习仲勋、叶飞、张国基、廖晖，第二排右三为徐世民。
这十几年，习仲勋见证的都是底层的生活和疾苦，这使得他有了“反潮流”的勇气。
“他反潮流都是反不正确的潮流，他异见都是针对不正确的东西异见。”方苞认为。
容忍的1980年代
转战立法机关时的习仲勋一直想制定《不同意见保护法》
1980年2月25日，习仲勋收到了由刚刚上任的中共中央总书记胡耀邦签发的《关于为所谓“习仲勋反党集团”平反的通知》，正式获得平反；半年后，他被补选为第五届全国人大常委会副委员长。
同年11月，为中国开放国门的第一波大潮中表现出众的习仲勋被调回中央工作。
这一年春节，一场盛大的春节联欢晚会在人民大会堂举行，习仲勋以人大常委会副委员长的身份出席，与曾经的老朋友们共度欢乐时光。此情此景，自1962年离开国家领导岗位后，习仲勋已经很久没有体味。这只半途被放逐的大雁，在忍受了长时间孤独而艰难的飞行后终于重回雁阵。
1981年6月，习仲勋在十一届六中全会上被增选为中央书记处书记，协助胡耀邦处理党的日常事务。由此，两个都曾受到“左”的迫害，并以宽厚、正直被人所记住的老人，开始了他们人生中最重要的一段合作。
时任中共中央政治局常委、书记处书记的胡启立后来回忆：胡耀邦同志对习仲勋非常信任，把许多大事情都交给他办理；当时中央书记处成立了临时领导小组，胡耀邦任组长，习仲勋任副组长，许多日常工作都是由习仲勋负责。
中央书记处的办公室在中南海勤政殿，习仲勋在那里度过了他政治生涯中最为重要的7年。这也是一个国家掉转航向、拨乱反正的关键时期，既要为过去的历史埋单，又要花费巨大的心血开辟新航线，同时还得防范大船拐弯时可能遇到的风浪。
配合胡耀邦，为冤假错案平反、推动组织人事制度改革、促进干部的新老交替、精简机构、恢复法制等，是这一时期习仲勋的主要工作，同时，他还需要和随时可能卷土重来的极“左”思潮做斗争。
“左”的错误曾严重影响了中国的历史进程，也是习仲勋人生中的梦魇。“文革”结束后，它虽然得到纠正和压制，但并没有完全丢掉战场，一有风吹草动便会死灰复燃。
1980年代初的“清除精神污染”便是这样的一次运动。原本只是一些革新者和保守者之间的辩论与碰撞，后来却演变成了对于普通人生活方式的指摘，不许烫发、穿喇叭裤、跳舞……甚至不许养花、养鸟，否则便是“资产阶级自由化”。更为荒唐的是，《马克思传》内页因有马克思夫人燕妮袒露肩膀和颈胸的照片，而被视为“黄色书籍”加以没收。
这场运动受到了胡耀邦的反对，习仲勋也站在胡耀邦这边，坚决抵制“清除精神污染”。胡耀邦身边的一位秘书回忆，一次干部工作会议后，习仲勋曾忧愤地向胡耀邦表示：“现在‘资产阶级自由化’成了一根打人的棍子，谁要是提出不同意见，或者他们看不顺眼，想整某个人了，就给他扣上一顶‘资产阶级自由化’的帽子，简直是岂有此理！”
最终在胡耀邦等人的及时制止下，“清除精神污染”运动仅仅推行了28天便戛然而止。习仲勋一生中曾多次遭遇身边的同事或老战友因发表了一点不同的看法而受到迫害，他自己也被深度卷入，所以当手中重新拥有可以说不的权力后，他对那些不同意见者抱以极大的理解和包容，有时候，他也不惧做一名“不同意见者”。
在担任全国人大常委会副委员长和中央书记处书记的同时，习仲勋还有一个身份很容易被忽略，即全国人大常委会法制委员会主任。这一身份让他对如何保护不同意见有了更深层次的思考。