一辈子生活在巴仁乡的依敏·玉买尔老人，是巴仁乡暴乱事件的见证人，1990年春天，老人觉察到村子里有一种与以往不同的气氛。
有一些人在村民当中串连，强迫信奉伊斯兰教的教民捐钱，并且要求每人“抱经宣誓”，参加一个“党”。参加他们“党”的人，每人至少交50元，其中20元是活动经费，20元购买白球鞋，10元购买刀子。谁不做，这些人就用刀子进行威胁。
3月底，巴仁乡土尔村清真寺院内竟然架起高音喇叭，宣传圣战。他们说“穆罕默德同异教徒打过仗，我们也不得不打仗，每天做五次‘乃玛孜’不解决问题，要打仗”。
操纵这一切的是一个叫则丁·玉素甫的人。1980年代末，则丁·玉素甫到喀什学经，回到巴仁乡后，组建了“东突厥斯坦伊斯兰党”。
这些异常现象引起了阿克陶县委、县政府的注意。当发现公安机关开始调查时，则丁·玉素甫决定提前暴动。4月4日下午，切克村清真寺聚集了200多人。当天下午6时30分，聚事者开始围攻乡政府。
因为无法对事件的性质做出判断和怕伤及信教的民族群众，所有现场武警都执行着不开枪的命令，尽管已经有多名武警战士被打死，5名武警战士被抓做人质。
直到4时10分，新疆维吾尔自治区党委接到中央批示，事件性质为武装暴乱。武警和公安人员开始还击。则丁·玉素甫被击毙。
1990年当分裂与恐怖势力初起的时候，表现形式是狂热的宗教情绪，一些不明就里的信教群众被恐怖分子利用，宗教与非法宗教的界线难以划分，正常的宗教活动与恐怖活动也难甄别。面对恐怖主义新疆最初采取的是谨慎的态度，新疆恐怖组织的定性是10年之后。
1991：第一个恐怖训练基地
1992年2月5日，大年初二，这个从来都是喜庆的节日变成了一个哀伤的节日。新疆维吾尔自治区首府乌鲁木齐的公共汽车、影剧院、住宅楼里被安放了四颗定时炸弹。2路公共汽车的爆炸异常惨烈。
在此之前，新疆，甚至全国没有人见过这种以危害公共安全制造社会恐怖为目的的爆炸。新疆人一时“懵了”。自治区公安厅很快做出了推断：这是一次有计划的谋杀，一次有组织的恐怖性爆炸。
7个多月后爆炸案告破，这是一个叫做“东突厥伊斯兰改革党”的暴力组织所为。1991年2月28日，这个组织成员首先在库车县客运站录像厅制造了新疆第一起恐怖爆炸案件，造成无辜群众死1人，伤13人。小试成功后，他们便将目标锁定乌鲁木齐，然后进行了一年多的筹划和准备。在乌鲁木齐爆炸案之后，他们又一口气在新疆境内针对无辜公众制造了15起爆炸案。
为筹集经费，1991年11月13日，这个组织曾在沙雅县制造了解放以来全国最大的一起银行运钞车抢劫案，劫走农行棉花款50万元。然后悄悄转移到了1000多公里外的喀什叶城县的一所不起眼的院落里，在这个院子里他们建立了新疆第一个恐怖训练基地，先后培训了3期数十名恐怖分子。
1993：新疆系列爆炸案
乌鲁木齐爆炸案的侦办让“东突厥斯坦伊斯兰改革党突击队”遭受了打击，但是漏网分子迅速潜入了新疆各地。他们的下一个目标选择的是南疆重镇喀什。
1993年6月17日，位于喀什市中心的喀什地区农机公司办公楼发生爆炸，两名无辜群众身亡，另有1人重伤、7人轻伤。自治区领导和新疆警方奔赴喀什，但是，暗杀公安民警、爱国宗教人士等一系列爆炸和暗杀案件，几乎就是在工作组的眼皮底下发生。
这一年的10月，散处于新疆巴音郭楞州、阿克苏地区、和田地区、喀什地区、吐鲁番地区、塔城地区等地的17名暴力恐怖分子，被一个叫艾尔肯·阿不拉的和一个叫阿不都·米吉提的重新纠集起来，成立了一个新的恐怖组织———“东突厥斯坦伊斯兰反对党”。
这个恐怖组织成立后，并没有立即活动，而是秘密发展成员，扩大组织，在全疆各地建立分支机构，建立训练基地，培训恐怖分子，并派遣成员通过抢劫、盗窃等方式筹集经费。
