1994年11月30日至31日，来自全疆各地15名恐怖组织和宗教极端势力的代表暗中聚集墨玉县。会议参加人买买提·吐鲁普说，他们在一个农家的土炕上召开了这次会议，房间的门都是堵死的。会议讨论的其中一个事项就是怎么筹集资金，怎么发展力量，还制定了购买武器、建立“伊斯兰敢死队”等任务，并拟定1995年春节前夕在叶城县再次召集会议，以确定最后行动计划。
1995年1月14日，“墨玉会议”代表之一吾买尔·买合苏等3人，在莎车县牙瓦乡进行蒙面抢劫时被抓获，警方得知，原来他们的筹集资金就是以这种刑事犯罪进行。
这次抓获的3人，交代了“墨玉会议”的基本情况，因而使大部分“墨玉会议”人员落网，墨玉会议的罪恶图谋未能得逞。
如果说墨玉会议显示出来的是恐怖组织的幼稚，那么1996年11月29日在和田召开的和田会议就是一个“完美会议”，从行动纲领制定到恐怖行为的落实，到保秘与忠诚，都极其严密。
29日这天，“东突厥斯坦伊斯兰反对党”分布于全疆11个地州的22名代表，秘密潜入和田市。22名恐怖分子怀里揣着各地各分部的关于组织纲领的修改意见、暴力恐怖计划和暗杀名单前来参加会议。
从中央电视台披露的一段录像中，人们看到了恐怖分子策划于密室的真实情景。所有的人都戴着面具，很多人遮掩得甚至连眼睛都看不到。据后来被抓获的参加会议的恐怖分子交代，蒙面是为了让开会的人彼此不认识，以避免墨玉会议的疏漏：抓住一个交代出一片。
这段录像本来是他们记载这次“重要会议”的所谓“史料”，要留作日后的珍贵档案，还要向境外的组织发送，以争取国际支持。
会议通过了《“东突厥斯坦伊斯兰真主党”若干重要问题的决议》；研究了新的恐怖暗杀计划和统一行动问题等。将各地代表带来的暗杀名单进行了汇总，在新疆大范围内制造爆炸骚乱具体行动计划。
这就是“断桥赶汉”系列刺杀行动，斋月的第17天暗杀24名新疆党政干部和宗教人士。黑名单上首先倒下的是阿克苏地区新和县宗教人士阿肯木·斯迪克，子弹射中了他的胸膛。
接下来更大的恐怖行动便是伊宁骚乱。
“墨玉会议”、“和田会议”是一个分水岭，一批恐怖分子被培养了出来，取得了经营恐怖组织经验。
正是在墨玉、和田会议之后，境内的分裂势力和境外联系更为紧密，并且直接得到国际恐怖主义“老大”塔利班的支持，因而其在新疆境内的破坏活动也更为剧烈。
1997年发生伊宁骚乱和乌鲁木齐公共汽车系列爆炸案后，中央召开专题会议讨论新疆问题，确定了重点打击的三种人：民族分裂的骨干分子、暴力恐怖犯罪分子和宗教极端势力的为首分子。
这是一个重大的转折点，新疆自治区党委调集万余党政干部组成工作组分赴新疆的18个重点县市进行“集中整治”。恐怖分子的活动空间一下子被压缩，全疆各地只要恐怖阴谋稍有露头就会遭到沉重打击。
血债
爆炸、暗杀、袭击、绑架与劫持人质等恐怖分子通常的手段，新疆的恐怖分子几乎都用到了。在1990年至2000年的十年间，据不完全统计，恐怖分子们共在新疆境内至少制造了200余起恐怖暴力事件，造成166人丧生，400多人受伤。
1990：第一起恐怖事件
“巴仁乡暴乱”是新疆解放40年最为严重的一场武装暴乱，是进入1990年代后发生在新疆的第一起恐怖事件。它是一个信号，也是一个开始。此后，大规模的暴力恐怖活动在1990年代的新疆相继发生。
