“三反”进入追赃、起赃阶段后，各地也不同程度地出现了一些偏差，主要表现为：无根据起赃，如在鞍山钢铁公司，有的单位没有确凿证据就去起赃，结果引起争吵，被人家骂了出来。逼赃，迫使家属承认。一些单位为了完成追赃指标，逼家属变卖田产；苏南一铁路机关在追赃时，工作人员从贪污分子家属手上、耳朵上拿去金戒指和耳环，引起在场群众的极大不满。有的单位起赃时，事实上已没有原物，而非要原物不可；有的单位没有金子也非要起出金子；有的甚至将私营工厂机器上的马达作为赃物拆下来，导致工厂停工停产。在北京市，有的单位接收的“赃物”有破钢笔、旧手表、甚至破烂衣物等，既无经济价值，又造成了不良影响。还有的地方和单位把嫌疑人家中的马、牛、羊、猪、鸡等牲畜捉来，赶到市场上拍卖还赃款，等等。
上述这些现象，同样引起了毛泽东的注意，他在批示转发了上海市委在“三反”中严格执行纪律的经验后，很快又批转了武陟县的经验。武陟县在“三反”运动进入追退赃物阶段后，及时发布了《关于追退赃物的几项政策规定》，要求各单位在追赃退赃时，一定要注意掌握以下几条原则：“现存赃款、赃物，立即交出；不便于立即交出者(如投资尚未结账等)，可先交证件；原物已消耗者可登记，开清单，确实挥霍掉者，本人申请，群众评议，听候领导处理。追赃中不准损伤他人(如亲属)财产，更不准封门，停业，不准逼供等。”毛泽东在武陟县的报告上写下批语：“此件很好，请各级党委一律照办。”
5月4日，中南局向中央报告，许昌专区向农民干部出身的贪污分子实行追赃时，直接派人到农村强迫家属拆房卖地偿还赃款，影响极坏，有损无益。为防止再发生这类错误事情，中南局对追赃做了三项规定：(1)要先定案后追赃，绝不能盲目要钱而不问案情之真假大小。赃款可以证明贪污，但有钱不一定就是赃证。(2)不准直接派人到贪污分子家庭特别是劳动人民家属那里去逼赃。案情确实者，令本人自取；在远地者，通知当地政府协助调查，并说服自送；家属坚决不承认者，即应重新审查案情，不再追赃，待取得确切证据后，诉之于当地法院，实行法律判处。家属成分系工农，承认得赃但无力偿还者，可以减免，不许拆房子、拉耕牛、拿农具。(3)贪污分子供称赃款存投于商店而又无证件、“五反”中商人又坚不承认者，同样应采取慎重怀疑态度，不应草率肯定，硬追硬逼，引起不良后果。这样做的结果，“老虎”数字要大降一批，对此不必害怕。该降的让它降下来，这就是实事求是。死守原数，一个不准降低，坚持“逼、供、信”错误，对党危害更大。
毛泽东充分肯定中南局的做法，当即批示“各中央局分局并转省市区党委仿照办理”。随后，毛泽东再次严厉强调：“必须将一切真正的贪污犯，贪污嫌疑分子和弄错了的人按照中央历次指示和政府法令认真地如实地加以判处和审查清楚，不得放纵一个坏人，不得冤枉一个好人。对赃款凡能追出者必须一律坚决追出，惟不得累及无辜家属，不得派人到农村追赃款(除个别确有大赃存在农村社会舆论认为应追者外)，不得硬追那些本来追不出的部分。”
为了使各地能够准确领会中央的意图，正确把握政策界限，3月6日，毛泽东批准发布《关于处理贪污、浪费及克服官僚主义错误的若干规定》，第一次对贪污问题提出了统一的政策性标准。这一规定明确指出：“凡贪污未满100万元者，只要其情节不严重恶劣，彻底承认错误，保证不再犯，一律不以贪污分子看待”。“凡贪污超过100万元，未满1000万元之贪污分子，只要其情节不严重恶劣，彻底承认错误，保证不再犯，一律不予刑事处分……如系年岁较轻或偶一失足而能自动坦白者，或系发觉后积极参加三反工作并业已立功自赎者，得免以贪污分子论处，不予行政处分”。“凡贪污超过1000万元，未满1亿元之贪污分子，可依其情节轻重、坦白认罪程度、退赃和检举立功等情况，分别给以适当的刑事处分，或免刑而只予行政处分”。“凡贪污超过1亿元之贪污分子，一般均应按其情节轻重给以不同的刑事处分，追缴贪污款物，但自动坦白、真诚悔过，退出赃物，在反贪污斗争中检举立功者，亦可免予刑事处分，改给以适当的行政处分。”而计算贪污违法时间，则“一般应自中华人民共和国成立之日，即1949年10月1日算起……凡在中华人民共和国成立以后解放的地方，应自解放之日算起。惟起义部队一律自该部队建立革命政治工作制度之日算起。”
一方面，对一般的贪污分子，尽可能地从宽处理，甚至不划为贪污分子，把绝大多数人尽快解脱出来，以利于团结和教育更多的人；另一方面，对于重大贪污分子，强调要依法严惩，绝不姑息，这是毛泽东在“三反”运动后期的一个指导思想。
