教授治校，民主管理
最早向蔡元培建言教授治校的是北大教授沈尹默。“中国有句古话，百足之虫，死而不僵，与其集大权于一身，不如把大权交给教授，教授治校。”沈尹默力主根据章程，成立评议会，“这样，将来即使您走了，学校也不会乱”。蔡元培深以为然，完全采纳。
出任北大校长第一年，蔡元培就主持制定了《北京大学评议会规则》，同时组建了大学评议会，作为学校最高立法机关和权力机关，以让更多的教授议决立法方面的事。凡学校法规、学科的设立与废止、课程的增减与改革、聘请新的教授等重要事项，均须经评议会审核通过后，方可实施。
评议会由评议员组成，校长为议长。评议员包括各科学长和主任教员、各科教授每科2人，由教授自行互选，任期1年。1917年底，北大共推选出评议员19人，当时，年仅20多岁的青年才俊胡适，便为文科评议员。
从1918年起，为让更多的教授参与学校事务，蔡元培根据《北京大学学科教授会组织法》，在北大各学门（系）设立教授会，规划各学科的工作。学科教授会主任由各学科教授互选，任期2年，无论教授、讲师、外国教员，都是会员。而担任各教授会主任的则为一时之贤德，如经济门教授会主任即为马寅初，他后来先后出任北大和浙大校长。
当时，北大共成立了11个学门教授会,教授会对学科内部事务有很大的自主权,不受他人干涉。这些教授会相当于学门一级的评议会,为贯彻教授治校打好了基础。
随后，北大行政会议、教务会议和总务处也先后成立。此前，北大开教务会议时，有讲英文的旧习。蔡元培规定开教务会议时一律用中文。开始时，外国教授表示反对——“我们不懂中国话”。蔡元培答：“假如我在贵国大学教书，是不是因为我是中国人，开会时你们说的便是中国话？”外国教授无以对答。从那时起，北大开会发言一律讲中文，不再用英文。
到1920年9月，蔡元培已在北大建构了颇为成熟的教授治校管理体制。当时数千人规模的北大，只有一位校长，没有副校长，校长办公室也只设秘书一人，处理日常往来函件。行政会议、教务会议、总务处三足鼎立，职责分明，各司其职，形成了民主高效的管理机制。
