两者差异在于立场和情绪
马英九政府的弱势之一，体现于“教育部”一直以来采用妥协的方式，它对统派、独派都不敢彻底得罪。尽管马英九看了当前高中历史教科书后，大呼“触目惊心”。即便如此，反对派已经采取激烈行动。“台独”色彩浓厚的台湾教师联盟、台湾教授协会成为抗议群体的主力。他们在教育部门前举行示威活动，台湾教师联盟在网站首页发布新闻稿《一字丧邦？丧哪个“邦”？去××的中华冥国，建立台湾国》，并号召民进党执政的六县市公文拒绝用“日据”。
教师联盟秘书长郭燕霖、教授协会前会长陈仪深、副会长许文堂等人向“教育部”陈情，“日治”指领土转移，“日据”偏向暂时的军事占领，前者是符合历史事实的中立陈述的用法。教授协会宣称，若“教育部”放任“日据”字眼出现在高中历史教科书上，他们将联合一切力量赶“教育部部长”蒋伟宁下台，并追究王作台的责任。
2008年马英九上台后，并没有对陈水扁留下的课纲小组成员进行换血，只是进行微调。因此，课纲小组依然使用陈水扁时期的九八课纲，因此不断招致统派批评。2011年马政府通过新课纲修订，并于2012年8月投入使用，但新课本在统派人士眼中依然问题重重。
今年78岁的王寿南，退休前曾任“国立”政治大学历史系主任，也是当年中华文化复兴运动推行委员会的执行秘书，曾于上世纪80年代中期参与课纲小组。他向本刊记者指出：“李登辉上台前，课纲小组里有很多知名历史学者，如李国祁、李云汉、张玉法等人。我们这批人受中国传统历史影响很深，所以坚持‘日据’说法。”
谈及“日据”和“日治”的差异，王寿南认为主要在于立场和情绪。“台独派之所以采用‘日治’，是方便将台湾历史划分为荷兰、明郑、清治以及中国占领时期。于是台湾就成了公交车，上车下车者都是外来的，包括中国。”
早在迁台前的1945年，国民党政府就开始了去日本化的工作。1946年许寿裳抵达台湾任省编译馆馆长，推行国语教育。其他措施还包括更换街道名字、将日本在各地的神社改成地方忠烈祠等。“蒋介石在任时，每年会有‘七七事变’纪念活动，但多半是个纪念会，其目的在于宣传勿忘先烈，并没有培养反日情绪。”王寿南回忆道，“1950年学术界开始研究台湾史，最初就是集中在日据时期，当时最热门的人物是同盟会的抗日志士罗福星。”
两蒋时期的台湾历史教科书也非常“中国化”，并且统一由“教育部”编写。1997年，李登辉主导国中《认识台湾》教科书，成为重大转折点。此后，台湾教科书日益增多本土化内容。在统派学者们看来，李登辉将台湾史与本国史脱离，大力美化日本殖民时期。1999年实施八八课纲，并开放民间机构编写教科书。
2002年，陈水扁在执政两年后将国民党籍的“教育部部长”曾志朗换为黄荣村，2004年又换为杜正胜。因其可以任命课纲小组成员，故经过李登辉和陈水扁任期后，课纲小组基本被“台独”倾向的学者把持了。2007年，民进党政府借台湾历史学会发布《海洋教育与教科书用词检核计划》，正式判定“日据”乃“不客观历史价值判断、刻意褒扬或贬抑的非中性词汇”。“当时李登辉、陈水扁手握行政资源，台湾史研究可以拿到很多经费，中国史研究很难批下钱，台湾史研究就被绿营掌握”，张亚中语中带有无奈。
“日据”的声音开始重新夺回话语权，得益于正在执政的国民党政府。然而当台湾迎来下一次政党轮替，是否会有变数？“日据”派们并没有想得那么远，他们只想先尽力占领教科书平台，便可以影响一代人。
王作台则反复强调，“教育部”对此会采取更开放的态度。“课纲应允许有充分的讨论空间，并体现在课本上。对下一代而言，能在一个讨论空间里做到独立思考也是好事。”
