矢尽离台
10月9日，嘉义失陷，台南府城成了一座孤城。外援既断，粮饷又复告罄，刘永福进退失据。10月10日，他给桦山资纪写了一封信。也正是因为这封信，让后世对刘永福的评价褒贬不一，至今仍争论激烈。
刘永福在信中表示，愿意将台湾让给日本，但有两条要求：日军要厚待百姓，对“所部兵勇以及随员人等，亦须厚待，不可侮辱，将来须请照会闽浙总督、两广总督或南洋大臣，迅速用船载回内地”。
有人认为这是刘永福的投降信、乞降信，有人则认为这是有条件的议和，是绝境之下最后的抗争。两种观点都有各自依据，难以定论。
且不管刘永福的初衷是投降还是议和，胜券在握的桦山资纪都不会答应他的要求了。桦山资纪很快写了回信，日军可以停止进攻，条件是“唯有（刘永福）面缚自来军门乞哀”。
刘永福恼了，再写一信，干脆说出了自己的打算：“若本帮办战不能胜，即率旧人退入内山，亦可支数年，而不时出战，决不令安居此地也。”
此后，刘永福确实做了“进山打游击”的准备。易顺鼎发来电报，劝刘永福内渡，刘永福回电：“誓不走，如万难支，决入内山作草寇，与遗民共存亡。”18日，刘永福召集部众，议定退入台南城东的大山之中，随即开始向山中秘密运送辎重、装备。
但是，第二天传来的一条噩耗，彻底击垮了刘永福继续战斗的决心——曾文溪失守了。
曾文溪距离台南府城只有17公里，是北向防守的最后一道防线。刘永福几乎把所剩的4000兵力全部安排到这里，准备孤注一掷，与日军决一死战。孰料，日军早已侦察到曾文溪的阵地布置，正面佯攻，侧面迂回，两下夹攻，只用一天就攻破了曾文溪阵地。
曾文溪一战是台湾保卫战的最后一役，黑旗军和义军的有生力量消耗殆尽，再也组织不起有力的抵抗。
惨败让刘永福灰心丧气。到了不得不退入内山的时候，这位身经百战的将领已经失去了勇气和信心，转而求助于神灵，到台南的白莲庵求签，结果竟得了个“下下签”：“求财不得；求病必死；求子生女；失物无回；出行多阻。”
当夜，刘永福带领家眷和十几个亲兵，乘坐英国商船内渡厦门。
1895年10月21日，日军进入不再设防的台南府城。保台之战宣告失败，台湾就此沦入敌手五十年。
刘永福以败军之将的身份回到了厦门，但民众仍视其为英雄，夹道相迎，并准备在第二天举行仪式，纪念他的抗日保台壮举。刘永福愧不能受，当夜就离开厦门，归居广东南澳，自此离开官场隐居。
在他之前内渡的丘逢甲，则回到祖籍广东蕉岭。他把书房取名为“念台精舍”，为儿子改名为“丘念台”。1896年，丘逢甲满怀悲愤写下了《春愁》一诗，“春愁难遣强看山，往事惊心泪欲潸。四百万人同一哭，去年今日割台湾。”
后来，丘逢甲投身辛亥革命的大潮。1912年，丘逢甲病逝，弥留之际嘱咐家人：葬须向南，不忘台湾。
10月27日，桦山资纪发布告示声称：“台湾全岛已全部平定。”但是，他的话说得太早了。“全局输未定，已溺有燃灰。”此后，在日本帝国主义统治台湾的半个世纪里，台湾人民反抗日本统治的斗争从来没有停止过，他们用鲜血和生命，在中国人民反抗日本侵略的斗争史上写下了可歌可泣的篇章。
