“诸公误我”
日军对台湾的军事部署早已了如指掌。刚刚攻入台北，桦山资纪就给驻守台南的刘永福写了一封劝降信。他并不认为刘永福有资本与之一战，信中说：“独以无援之孤军，把守边陬之城池，大势之不可为，不待智者而可知已。”这倒不是虚言。刘永福率领的黑旗军和抗日义军，确实已经陷入了孤立无援的绝境。
桦山资纪的劝降信通过英国商船转交，战时的混乱让这封信直到8月23日才到达了刘永福手上。同一天，北白川能久的近卫师团开始围攻台中重镇彰化。
彰化的黑旗军和义军总数才3000人，不及日军的五分之一。彰化似乎成了日军唾手可得之物。
就是在这样的情势之下，刘永福给桦山资纪写了封回信，不但义正词严拒绝投降，还劝桦山资纪“及早改图，将台北地方全行退出……否则，余将亲督将士，克日进征，恢复台北，还之我朝。”
同时，刘永福给驻守彰化的黑旗军将领吴彭年发电报：“兵来御之，死守无恐！”
彰化当时还是座小城，城中无可防守。吴彭年把防守阵地摆在了城东的八卦山上。八卦山之役成了抗日保台期间最惨烈的一次战斗。
是役，3000名彰化守军与15000人的日军血战了三昼夜，黑旗军将领吴彭年战死，义军首领吴汤兴战死……最后突围幸存的，仅剩不到50人。
日军的损失同样惨重，在攻占彰化的路上留下了上千具尸体。战斗过程中，日军主帅北白川能久见久攻不果，骑着马到前线督战，一发炮弹不偏不倚在他身旁爆炸，坐骑当场被炸死。事后，日本的媒体大肆吹嘘说“亲王有神灵庇护，须发无损。”但是不久之后，北白川能久病重的消息见诸报端，10月份，北白川死在了台湾。让北白川能久“病重”的，应该就是那发炮弹。
彰化失陷了，日军兵分几路大举南下，黑旗军和义军拼死抵抗，战斗演变为一村一镇逐个争夺。日军凭借强大的军事优势，逐步蚕食着台湾的土地，却也付出了高昂的代价。日军档案记载：“我军冲锋，敌军却一步也不后退，挥舞刀枪，欲杀我军。真是太顽强了！”
在兵力和装备上都处于绝对劣势的黑旗军和义军，并没有因此而退缩，反而选择了主动出击。9月初，趁着日军兵力分散的机会，他们开始北上反攻，一路收复了大莆林、北斗、云林等地。日军狼奔豕突，退回彰化，被数千名黑旗军和义军包围了起来。
这一下，桦山资纪着了慌，赶忙向国内求援。9月11日，从辽东半岛紧急抽调来的日军第二师团到达了台湾。这个师团有两万余人，是甲午战争中日本入侵旅顺的主力，兵强马壮。侵台日军的兵力陡然翻倍。
其实，日军即便没有第二师团的增援，黑旗军和义军也无力攻取彰化了。他们根本就没有攻城用的重火力装备，连日的进攻已经成了强弩之末。
9月23日至25日，黑旗军和义军发动了最后一次攻城行动，在日军猛烈的炮火下伤亡惨重，不得不退去。
日军赶来增援的第二师团，加上首批登陆台湾的近卫师团，侵台总兵力已达4万人，甚至超过了甲午战争期间投入的陆军兵力。枪炮齐备的日军，兵分三路，向着仅剩数千人的黑旗军和义军合围而来。
日军近卫师团咬着黑旗军和义军撤退的脚步，一路向南追杀。第二师团则搭上运兵船，由海路绕到了刘永福的身后，一半在台南府城西北方向的布袋嘴港登陆，另一半在西南方向的枋寮港登陆。
至此，日军陆海并进，南北夹攻，台南府城完全处于敌锋之下，危在旦夕。
曾经在战场上叱咤风云的刘永福，这时陷入了四面楚歌的绝境。自率部来台后，他既不为朝廷所信任，又受到上司的压制和排挤。担起抗日保台重任已有数月，敌兵势大，己方粮饷全无，刘永福内外交困，苦苦支撑。
为济燃眉之急，刘永福号召爱国绅民“有银帮银，有钱帮钱，无钱帮米”，还曾经自己发行银票、印邮票，无奈都是杯水车薪。
刘永福屡次派人渡海，向两江、浙闽、两广总督告援，皆无成效。实际上，当时的两江总督张之洞、两广总督谭钟麟都是保台的支持者，也都秘密地向台湾输送过资金、武器，时人记载：“台北粮械多出自香帅（张之洞）之助。”但那多是在清政府交割台湾之前。
清政府把台湾当成媾和的筹码扔出去后，不但没有给台湾任何支援，还训诫沿海的封疆大吏们，严禁运粮械济台。
张之洞曾经寄望台湾自保一段时间以改变时局，6月初，他曾密电刘永福，询问台湾可以支撑的时间，并允诺两个月后将有援兵。但是后来的两个月间，刘永福函电迭至，又派人登门求援，张之洞却没有答复了。
直到10月2日，张之洞才电告由台南回厦门求援的道员易顺鼎：“台事奉旨不准过问，济台饷械更迭奉严旨查禁，此时台断难救。且事必不能密，万一泄漏，徒碍大局，朝廷必然震怒；且东洋必更加诘责要求，岂不所损更多……务望权其轻重，速离厦门，免生枝节为要。”
被朝廷抛弃的绝望让刘永福耿耿于怀，直到数年后口述《刘永福历史草》仍在慨叹：“内陆诸公误我，我误台民！”
