全人教育“乌托邦”
与当初一般创办教育者的急功近利心态有着本质的区别，马相伯认为大学应该培养德行高尚、学问渊博的人才，而不应只满足于教授知识与技能。
一直以来，马相伯所追求的都是“中西融通、古今汇合”的教育理念，其目的是全人，尤其是在理智方面的成熟与智慧。他认为大学应该培养德行高尚、学问渊博的人才，而不应只满足于教授知识与技能。
加拿大教育学者许美德精辟地指出，“马相伯与当初一般创办教育者的急功近利心态有着本质的区别，他希望将传统的中国文化和西方文化中的天主教教育理念结合起来，为伦理和精神堕落的中国社会带来一股新鲜的活力与生命，从而复兴中华名族。”
在马相伯看来，现代的中国大学要在哲学、人文以及科学方面齐头并进。他融合了自己在私塾和耶稣会所接受的教育，融会贯通地建立了一套新的课程体系，也由此成为了中国近代大学学科的奠基人。马相伯把他对课程体系的理解与改革都体现在《震旦学院章程》中，他将课程分为两大类，文学与质学（即科学），每一类中又分主课与附课。整个课程体系涵盖领域极广，从拉丁文、希腊文，到财政学、公法，从数学、物理学，到园艺、绘画、歌咏。
归根结底，这与马相伯接受了近20年的耶稣会所倡导的“全人教育”（All-round Education）密不可分。耶稣会是西班牙公爵罗耀拉·圣依纳爵在1534年于巴黎创立的，崇尚的是文艺复兴之后的人文主义教育，尊重人本身，以培养完善的人。
该会早期古典文学家詹姆斯·庞塔那就宣称，“人文学科的学习是训练一个完善的人，自然科学知识培养专家而已。”在当时，许多国家和教廷政要都出自于耶稣会学校。启蒙运动的先驱伏尔泰、哲学大儒笛卡尔以及其他许多科学泰斗都受到了耶稣会学校的栽培。
遵循这一原则，马相伯在所有的课程中也最看重语言、哲学和数学。他认为，要了解西方的话，必须从拉丁文学起。而哲学思潮，尤其是西方的哲学思潮，除了具有启蒙功能外，还可以帮助“发明光大我国之学术者”。因此，他亲自编撰拉丁文教材《拉丁文通》、语言学理论《马氏文通》和哲学教材《致知浅说》，为学生教授哲学、拉丁文、法文、数学等课程，将中西人文思想融汇其中。
然而，这一套现在看起来极具价值的课程体系，却并不符合20世纪初国人对高等教育的需求。“马相伯没有意识到，那时候的教育开始变得功利化、实用化和技术化了，学生们想学的是英语、商科与技术，富国强兵、经世致用，而他还坚持着当时文艺复兴留下来的人文传统，古典、艺术和哲学。”复旦大学哲学学院宗教系教授李天纲说，“现在我们又重新开始重视人文教育，提倡通识教育，其实就是在反思过去我们的教育究竟缺失了什么。整整一百年的国民教育，造成的其实是‘人’的缺失。”
学生自治
他希望学生能够手脑并用，求得“真的知识”与“活的学问”，从而提高原创力。
在校务行政上，马相伯实行“学生自治制”，由学生们推选一些代表以委员会的方式参与学校行政管理，进行自主管理。他强调，学校是学生的学校，办学必须独立自主。而从震旦到复旦的转变，也昭示出一旦学生的自治权利遭到破坏，马相伯就会义无反顾地站在学生的这一边。这种“我的学校我做主”的良好氛围，也使学生们在学校所学的管理和领导知识在日后能够应用于社会生活。
这种“开宗明义、力求自主”的治校风气，对近现代教育也产生了深远的影响。马相伯的学生蔡元培提出的五育并进、思想自由、兼容并包、文理沟通、造就具备完备人格的学生的教育理念，一定程度上受到了马相伯的影响。而“学术独立、思想自由”也被写入了复旦校歌，为世世代代的复旦人所传诵。
同时，马相伯也恪守“有教无类”的原则。只要是愿意来求学的学生，不分贵贱、不论年龄、不谈背景，他都全部收入门下。最典型的例子莫过于于右任，当时他因为作诗讽刺慈禧太后卖国，遭到通缉，逃到上海，马相伯免其学费让他留下，还对他说，“不以空言抒愤，救国必先科学”，影响了于右任的一生。
崇尚科学，注重文艺，不谈教理——是马相伯提出的三条办学宗旨。换言之，他认为科学和人文两者皆不可偏废。
强调崇尚科学的重要性，在20世纪初的中国是毋庸置疑的。马相伯曾说，“立国于20世纪科学之世界，必赖科学发达，始足以自存。中国今日之危亡，实根因于科学之落后。”与此同时，如果不注重人文教育，培养学生的道德与修养，那么“科学意识”就会变成“科学主义”，沦为了社会的工具。“举国倡言科学，无良心！无宗教！只有科学而已！”
于右任曾用“尚自治，导门径，重演讲，习兵操”来形容震旦的四大特色，其中所提到的演讲训练更是每周日由马相伯亲自带领。“或讨论学术，或研究时事，习以为常。先生本长于演说，高谈雄辩，风趣横生，诸同学传其衣钵，故出校以后，从事政治革命运动，受用不尽”。而“重演讲”的风气已然成为了复旦的传统。
现如今，“中国学生原创力不够”这个问题常常被教育界人士提及，而马相伯早在那个年代，就指出了长期以来的经学教育对中国学生的遗毒。“中国人不但懒于行动，尤其懒于思想”、“只重记忆，只知依样葫芦，等于只知贩卖，不愿创造”。他推崇在教学中采用“提举纲领、开示门径”的启发式教学法，反对只停留于文字表面的训诲或者教条式的灌输，注重研究与实验，希望学生能够手脑并用，求得“真的知识”与“活的学问”，从而提高原创力。
又到一年清明时，复旦大学志德书院的学生，来到位于宋庆龄陵园内的马相伯墓祭扫。墓碑上，“爱国老人”四个字概括了先生“一老南天身是史”的百年荣哀。
临终前，马相伯曾在与胡愈之的一次交谈中沉痛地说，“我是一只狗，只会叫，叫了一百年，也没有把中国叫醒。”
也恰在复旦百年诞辰之际，全校开始实行“通识教育”，去践行老校长当年未能实现的教育理想。而以“志德”（马相伯原名）命名的书院，正是为了纪念这位在忧患中度过一生的老人。
