1940年夏，我研究生毕业留校，司徒雷登校长约我谈话，当时的情景我记得很清楚。他的办公室在办公楼一楼，他说：“侯仁之，你在学校是本科生又是研究生已经有八年时间了，现在学生中遇到很多问题，北平沦陷了……”，他要我在教课之外再兼管学生工作。因为当时有的学生家庭遭受战火影响，经济困难；有的学生则想到抗日根据地去等等，这些都需要有人来关心和帮助。司徒校长选中我，大概是因为我在校做学生已有8年时间，比较了解学生的情况吧。司徒校长找我谈了后，我很着急，因为我下半年还要教课，于是我就去找了我的老师洪煨莲先生。煨莲师给了我一个很好的建议，他说校长找你，肯定有它的道理，你一个人是忙不过来的，最好组织个委员会……。最后司徒校长决定成立一个“学生生活辅导委员会”，我任副主席，主席则由深受学生尊敬的一个外籍教师夏仁德教授担任。我的主要工作，是帮助那些要投身到抗敌救国斗争中去的学生前往解放区，包括联系路线等等。当时我是通过一位以研究生名义留校进行地下工作的党员陈杰把同学们送往解放区的，我把要去解放区的同学介绍给他，由他联系前往。我以学生辅导委员会副主席的身份，掩护这些学生分批离校。
当时我在教学之外，正在赶写一篇学术论文，是关于北京古河流的研究，题目是“北京金水河考”。一天早上，我刚写完开头的一部分，日寇就前来逮捕我，连同我的草稿和参考用的地图，一齐带往日本宪兵队本部。那时我的老师洪煨莲先生还有其他燕京大学的师生也被关押在那里。
到了日本宪兵队，我就被带到地下室，记得两边都是栏杆，一开门就咣铛铛的响。走到一处铁门前，他们咣铛把门踹开，让我钻进去。我钻进去一看，里面还有一个人，他就是后来有名的电影表演艺术家孙道临，当时他的名字叫孙以亮，是燕京大学话剧团的主要成员，因为演出有抗日色彩的话剧而被捕。他的哥哥孙以宽就是在燕京大学化学系毕业后，由我出面与地下党联系，掩护其前往太行山区支援北方抗日大学的。
说起来那真是一段让人难以忘怀的往事。我记得每天晚上，我们躺在硬地板上，彻夜长谈黄河文化，我讲对《黄河大合唱》的热爱；讲黄河的故事；讲救灾于黄河的民族英雄；讲我将来要写《黄河传》……。因为在我被捕之前不久，燕京大学刚好买了一批英文书，其中就有著名传记作家路德维希(EmilLudwig)写的《尼罗河传》，深深地触动了我，我想黄河的影响比尼罗河还要重要啊，为什么不写一本《黄河传》呢？我也就想写一本有关黄河的传记。
因为日寇对我送学生去解放区参加抗日一事，一无所知，遂以“以心传心，抗日反日”的所谓“罪名”将我转送日本军事法庭候审。拖至1942年6月中，对我判以徒刑一年，缓刑三年，取保开释，附加条件是“无迁居旅行自由，随传随到。”出狱后，我连夜赶到岳母家，当时我的爱人和孩子都住在岳母家，那时我们的孩子已经降生半年多了。我透过门缝，看见里面的已经入睡的妻、子，禁不住悲喜交加。
新中国建国之后，全国高校进行院系调整，北京大学和燕京大学合并为北京大学。随后广州的中山大学和岭南大学合并，教育部派了一个工作队，十个人，我也是工作队成员之一。途经武汉的时候，当地院校的一位校长站到我面前说：“侯先生，您还认识我吗？我是陈晶然啊。”他就是我当年送到解放区的学生之一，他到解放区后改名为陶军，入了党、做了干部，和邓拓是好朋友。
侯仁之1946年留学英国利物浦大学，1949年获博士学位；并于同年9月底在地下党组织的帮助下取道香港回国；回国后第三天即参加了在天安门广场举行的中华人民共和国开国大典……。此后，侯仁之以北大地质地理系为基地，不断探索新的历史地理学研究，拓展了学科视野。
