因此，陈独秀反孔批儒，主要是针对以三纲为内容的封建道德在现代社会中起着消极作用，其对孔子及儒家在中国历史上的贡献和作用是肯定的。陈独秀这些看法代表了新文化运动的参加者对孔子及儒学的总体态度。正因陈独秀等人并不全盘否定孔子和儒学，尤其不否定孔子在当时的历史地位和价值，故其并不赞同新文化阵营中那些过分偏激的意见。
钱玄同是当时提倡白话文的最有力的学者之一。他主张使用标点符号和阿拉伯数字；采用公元纪年；改汉文右行直下为左行横写；在小学教科书中采用注音字母等，对我国的文字改革，白话文的规范化，都有深远的影响。但是，他在对待儒学的态度上却很偏激。他把陈独秀倡导的道德革命，批评儒家的三纲学说，误认为“推翻孔学”，并认为“欲祛除三纲五伦之奴隶道德，当然以废孔学为唯一之办法”；而“欲废孔学，不可不先废汉文。”钱玄同致函陈独秀说：“欲使中国不亡，欲使中国民族为二十世纪文明之民族，必以废孔学、灭道教为根本之解决；而废记载孔门学说及道教妖言之汉文，尤为根本解决之根本解决。”陈独秀对钱氏的偏激意见表示理解，认为“实在是愤极了才发出这种激切的议论”，但并不予支持，而是公开声明：“像钱先生这种用石条压驼背的医法，本志同人多半是不大赞成的。”
陈独秀等人激烈的反孔批儒，只是一种输入西方近代文明的策略而已。而对于陈氏“不得不反对”儒家文化的态度，连当时提倡儒家文化复兴的梁漱溟也深表同情和理解：“从前的人虽想采用西方化，而对于自己根本的文化没有下彻底的攻击。陈先生他们几位的见解，实在见得很到，我们可以说是对的。”
新文化运动虽然打倒了孔子的权威，根本动摇了儒学的崇高地位，但以民主与科学为核心的中国近代新文明并没有真正地建构起来。儒学并没有消灭，而是浸入中国人的政治思想、道德伦理、民族性格和风俗习惯之中，顽强地发挥着或积极或消极的作用，影响着国人的社会日常生活。就像鲁迅的小说《伤逝》中所描写的那样，子君虽然勇敢地喊出了“我是我自己的”，但她最后还是被吞没了，“吃”掉子君的不是别人，正是《狂人日记》中控诉的中国历史与传统社会，即中国传统的儒家道德。其实在新文化运动时，陈独秀就觉得“吾人惰性过强，旋觉旋迷，甚至愈觉愈迷”，因此告诫人们：“今兹之役，可谓为新旧思潮之大激战。浅见者咸以吾人最后觉悟期之，而不知尚难实现也。”故在终结儒学独尊地位之后，如何沟通中西文明以创建中国近代新文明的任务，仍然非常严峻。