二、陈独秀的反孔批儒是全盘反传统吗
陈独秀对孔子及儒学的激烈批判，并不意味着抹杀孔子及儒学的历史价值，也不是像有些研究者所说的“全盘反传统”，更没有导致“中国文化的断裂”。陈独秀在与吴虞、常乃德、俞颂华等人的通信中，就反孔批儒的理由、意图展开过较详尽的说明。
陈独秀解释说：“我们反对孔教，并不是反对孔子个人，也不是说他在古代社会价值。”又说：“孔学优点，仆未尝不服膺。惟自汉武以来，学尚一尊，百家废黜，吾族聪明，因之锢蔽，流毒至今，未之能解。又孔子祖述儒说阶级纲常之伦理，封锁神州。则二者，于近世自由平等之新思潮，显相背驰。不于报章上词而辟之，则人智不张，国力浸削。”连孔学本身也“以独尊之故，而日形衰落也。”在陈氏看来，孔子的思想价值在于其对宗教所持的理性态度：“孔子不言神怪，是近于科学的。”
陈独秀在复俞颂华时，肯定儒学的历史地位。其云： “孔教为吾国历史上有力之学说，为吾人精神上无形统一人心之具，鄙人皆绝对承认之，而不怀丝毫疑义。……吾人爱国心倘不为爱孔心所排而去，正应以其为历史上有力之学说，正应以其为吾人精神上无形统一人心之具，而发愤废弃之也。”复云：“其实孔子精华，乃在祖述儒家，组织有系统之伦理学说。宗教、玄学，皆非所长。其伦理学说，虽不可行之今世，而在宗法社会封建时代，诚属名产。吾人所不满意者，以其为不适于现代社会之伦理学说，然犹支配今日之人心，以为文明改进之大阻力耳。”
常乃德写信给陈独秀，认为把孔道与帝制联系在一起，不是“真正孔子之教”所为。针对这种“真假孔子”之说，陈独秀批驳道：“足下分汉宋儒者以及今之孔教孔道诸会之孔教，与真正孔子之教为二，且谓孔教后人所坏。愚今所欲问者：汉唐以来诸儒，何以不依傍道、法、杨、墨，人亦不以道、法、杨、墨称之？何以独与孔子为缘而复败坏之也？”陈独秀批孔言论在《新青年》发表之后，有读者致信陈氏，认为不应该对孔子“一笔抹杀之”，而且保留孔教也无伤于中国。陈氏在答复“佩剑青年”的信中说：“记者非谓孔教一无可取，惟以其根本的伦理道德，适与欧化背道而驰，势难并行不悖。吾人倘以新输入之欧化为是，则不得不以旧有之孔教为非。倘以旧有之孔教为是，则不得不以新输入之欧化为非。新旧之间，绝无调和两存之余地。吾人只得任取其一。记者倘以孔教为是，当然非难欧化而以顽固守旧者自居，决不忸怩作‘伪’欺人，里旧表新，自相矛盾也。”因此，尽管陈氏反孔时讲了一些“偏激”、“极端”的话，如“吾宁忍过去国粹之消亡，而不忍现在及将来之民族，不适世界之生存而归削灭也。”但是陈氏的本意是清楚的：为了建立一个欧化的中国新文明，就必须抛弃作为封建专制政体思想价值观基础的孔子之道，在这个问题上是没有调和余地的：“只得取其一”——取西方近代民主与科学，而抛弃中国孔教。