在该领域中，中国与菲律宾、越南的关系无疑是重点。在该时期内菲律宾先后挑起了美济礁事件、黄岩岛事件、菲方组织记者采访南沙岛礁等事件，菲方还多次扣押中国渔船渔民。菲律宾成为继越南之后中国南海政策所必须关注的另一个焦点。对菲政策成为20世纪90年代以来中国南海政策的重要组成部分，但对菲政策并未成为特定的政策；其内容和指导思想同对越政策是一致的——都是：保持克制，建立信任。经过磋商，中菲于1995年8月10日就南沙问题发表联合声明，明确在争议解决前，双方同意为在该地区确立行为准则而遵守和平友好解决等八点原则。其具体内容包括：（1）领土争议不影响双方关系的正常发展，争端应在和平友好并给予平等及相互尊重下，通过协商解决；（2）双方应努力建立信心和信任，强化和平稳定的区域气氛，并避免使用武力或威胁使用武力解决争端；（3）在扩大共识、缩小分歧的精神下，双方应采取合作渐进方式，以谈判获得争端的最后解决；（4）双方同意根据国际法公认原则，包括海洋法公约，来解决双边争端；（5）双方对此地区国家所提出南海多边合作的建设性主张及建议，持开放的态度；（6）双方同意在海洋环境、航行安全、打击海盗、海洋科研、减灾防灾、搜救、气象及海洋污染等方面促进合作，并同意在上述某些议题，可最终进行多边合作；（7）所有相关国家在南海海洋资源保护工作上应加以合作；（8）在不影响航行自由的原则下，争端应由直接有关国家加以解决。但后来菲律宾扣押中国渔船、虐待中国渔民的事件不断发生，中方仍始终保持克制并遵行八点原则。1996年11月，两国领导人达成共识和谅解，并设立探讨南海地区合作的磋商机制，包括渔业、环保、建立信任措施三个工作组。
在对越关系方面，1991年11月，中越关系实现正常化。在这之后，虽有越南侵占中国南沙岛礁的事件发生，但由于两国关系良好发展的大背景，中越在南海问题上没有再发生大的冲突。而且，两国间就边界、领土争端等建立了谈判机制（先后成立了陆地边界联合工作组、划分北部湾联合工作组和中越海上问题专家小组），并取得重大进展：1999年12月30日两国签订了《中越陆地边界条约》，2000年12月25日两国又签订了《中越北部湾划界协定》、《中越北部湾渔业合作协定》，解决了存在多年的陆地边界与北部湾划分问题。这为中越南海问题的谈判解决提供了契机。这一时期，中越之间在南海也发生过摩擦，如“万安北-21”石油合同区问题，结果总是以中方的容忍克制而平息。
第三，强调双边磋商的重要性，反对将南沙问题国际化，并高度关注美国、日本等区域外力量的反应。
在与南海周边国家的主权争端问题上，中国一向坚持通过双边磋商进行讨论，其主要原因在于中国认为，中国与不同国家的争端的性质、范围、程度均有所不同；相关国家提出主张的依据也各不相同，因此不宜以多边方式解决。如1995年中国外交部发言人在答记者问时明确指出：“中国政府一贯主张南沙争端应通过双边协商和平解决”。在主张通过双边谈判协商南海问题的同时，中国也明确反对将南海问题国际化，同时表示不接受外国力量介入南沙问题。中国政府的这一立场在对待“处理南海潜在冲突研讨会”的立场方面得到了体现，中国反对将该会议官方化、正式化的提议。对于区外因素的渗入，一方面，中国政府明确“中国维护对南沙群岛的主权及相关海洋权益，不影响外国船舶和飞机按照国际法通过南海国际航道的航行、飞行自由和安全”，并在与南海周边国的双边文件中明示“争议……不影响南海的航行自由”，以驳斥区外大国介入的一些借口；另一方面，中国政府强调“争议应由直接有关国家解决”，指出“如果有人想利用南海问题干扰中国与东盟国家发展友好关系，那将是徒劳的”。
第四，高度重视东盟对南海问题的影响，并通过加强与东盟在南海安全问题上的合作，为未来南海问题的解决创造条件。
1992年7月，第25届东盟外长会议通过《东盟关于南中国海宣言》； 1999年11月，在经过几次磋商后，东盟成员国终于达成关于在“南海中存在主权之争的海域”的行为准则的协议，即冻结现状。东盟《关于南中国海宣言》中的基本原则和东盟关于建立南海地区行为准则的倡议，客观上有利于南海地区和平稳定，因而中国政府对其持赞赏和欢迎的态度，并积极参与；表明中国政府保持南海地区和平稳定局面的诚意。