与省级党部相比，县以下基层组织和党员受到清党运动的冲击更大。国共合作时期，国民党员多不愿下基层，很多基层组织由共产党人主持。当时虽然亦有被土豪劣绅势力侵夺的现象，但尚属有限。而清党后，形势发生逆转，除极少数地方的县以下基层组织仍掌握在国民党左派和共产党人手中外，多数县以下基层组织成为土豪劣绅的天下。特别是两湖地区一大批曾被革命洪流迎头痛击的土豪劣绅藉清党之机，沉渣泛起，乘机侵夺国民党基层党权。国民党在大城市主要依靠军队清党，而在县以下的广大地方社会，土豪劣绅自发成为清党的主力。清党为土豪劣绅提供了恢复其旧有权势地位并进而侵夺国民党党权的一次良机。
在湖南一些地方，自国民党宣布清党后，“土劣猖獗，变本加厉，百倍从前。凡曾在外游历，或曾加入本党，及此时留学在外者，无论是否纯洁，均以共党目之，或没收其财产，或捉拿其家属。”
在四川，清党前各地办党人员大多为“共党少年”；清党后，国民党四川省党部委派各县的团总或团练局长去填充“共党少年”被清洗后所留下的组织空缺。这些团总和团练局长均为土豪劣绅。他们“打着清共招牌，乘机混迹党部，陷害忠实同志，收买流氓地痞，实行招募党员，以造势力。”
在广东，“各县市党部自清党后，差不多都被不明党义党纪的腐化分子所包办，而且他们极尽其毒辣阴狠，排除异已的能事去诬谄忠实同志，弄到各县市执委几乎多于党员，如革命空气非常紧张的琼崖等处的县市党部，听说只剩下了寥寥无几的党员。不消说，党务亦陷入停顿的现象了。”
在江苏，“从清党后，八九个月来党的工作，差不多仅有很少数的健全下级党部，仅见到很少数的忠实而努力的同志，民众对党的信仰很微细，党领导民众的能力薄弱，甚至离开民众，甚至为民众厌弃，甚至做出危害民众的情事……有的是以藉办党以渔利，有的是以藉办党去争权利，去拉地位，甚至去勾结官吏，包揽词讼，欺侮民众，一般人批评党部几几乎变成衙门，热心的革命党员几几乎都变成新的土豪和新的劣绅。”土豪劣绅的重新崛起，并对国民党基层党权的侵夺，使一个曾以“扶助农工”为职志的国民党迅速向一个新的军绅政权蜕变。《中央日报》社论写道：“清党达到我们目的了，但苏皖闽浙各地，土豪劣绅也乘时蠢起，捏词诬告本党青年忠实同志为，从事农工运动者为共党……忠实同志致遭残杀的到处皆是，信仰不坚被金钱软化堕落的更多。”
对国民党而言，土豪劣绅和投机腐化分子对基层党权的侵夺，显然非其发动清党的初衷。1927年5月5日胡汉民所提出的清党原则中，即声称“土豪劣绅、贪官污吏、投机分子、反动分子及一切腐化、恶化分子，前经混进本党者，一律清除。”按照胡汉民的设想，清党有两大目标：一是要清除共产党；二是要清除土豪劣绅、贪官污吏和投机分子。胡汉民称前者为“恶化”，称后者为“腐化”。然而清党的结果，却是“恶化”已去，“腐化”代兴。
从近代以来世界强权政治的经验来看，一个政权建立后，要维持一个相对稳定的政治秩序，首要有一强大政党组织力量的支撑。北伐时期，国民党本已发展成为一个拥有百万党员的庞大政党。这一队伍虽然松弛涣散，但若果真如胡汉民所定的清党原则那样，在清洗共产党的同时，整顿和严密党的组织，国民党并非不可能改造成为一个富有内聚力和组织力的强大政党。然后借助政党的组织力量自上而下地控制各级官僚队伍，从而建立一个新的秩序井然的党治政权。这一新的党治政权可能专制，但未必脆弱。然而，国民党清党的结果，不仅没有增强党的组织力和战斗力，反而导致党的严重虚脱和分裂蜕变。
由于缺乏强大政党组织力量的支撑，蒋介石在武力统一全国后，面临的一个最大难题是“党权付托不到相当的人”。因为共产党被清除后，国民党内“明了党义而能专心于党务者极少”。蒋介石痛心疾首地说：清党后，“各级党部的职员大部未曾受过训练，不明白党，不明白社会、国家、世界大势”，党员“犹之乌合之众”。各省党部给中央的报告，也大呼党务人才奇缺。在地方党权托付无人的情况下，国民党中央惟有听任土豪劣绅和投机腐化分子侵夺和分掠地方权力资源，在地方社会藉党为恶。另一方面，蒋介石鉴于清党后国民党“党力”的严重虚脱和裂变涣散，更进而倚赖武力，将军事力量直接转化为政治和社会的组织力量。
