对国民党而言，清党运动实际上是一场党内人才逆淘汰运动。不少真正有信仰有理想有革命热情的党员受清洗，被淘汰，有的因同工农群众打成一片而被当作共产党惨遭杀害。如浙江豪绅地主“藉清党之名，谬指各地之宣传主张减租者为共产党员，向各机关告发。各机关于接受告诉之后，大事搜捕，至无辜受累者难以数计。”这等于提醒那些尚留在国民党内的成员，不要再以激进的方法来解决社会和经济问题。另一方面，那些藉党为私的投机腐化分子和土豪劣绅群相涌入或原封不动地留在党内。
清党还使国民党的地方组织遭到严重破坏。国共合作时期，国民党省以下地方党务多由共产党人“包办”。清党一起，国民党的地方组织首当其冲，很快陷入瘫痪状态。据当时《中央日报》报道：“几个月来，党务受了不少的摧折……各地的党务今日改弦，明日更张，停顿的停顿，攘夺的攘夺，完全沉入于阴晦悲观的景象中。”在地方党部中，省市党部居于举足轻重的地位。清党一起，原由共产党人控制的一些省市党部职位也就成了国民党各派争夺的目标。在这场权力斗争中，为了打倒政敌，最常用最简便的办法就是攻击对方为共产党。一些人刚以“共党”罪名置竞争对手于死地而上台，旋即又被其他的竞争对手以同样的手段拉下来。于是，地方党部今日改组，明日整理，你争我夺，互相倾轧，弄成循环报复的局面。各省市党部人事如走马灯一般此起彼伏，动荡不宁。当时《中央日报》曾作过如下一番描述：
在最近的这一年中，纠纷闹得最多和人员变换最频繁的，要算是这个省党部了。例如安徽一省，自去年三月到现在，为期不过一年，省党部已经变更五六次；浙江一省也变更三四次；此外如湖北、湖南、江西各省也常有变更省党部的事情；而且每更换一次人员，就发生一次纠纷。人选愈趋愈下，党的威信亦因此发生动摇。弊害最大的，就是因为省党部变更频繁，互相争夺，演成甲兴乙起，丙去丁来的局面，致使“党内无派”的理想不能实现。
由于各省党部人事纠纷不止，直到南京政权建立后的第6个年头，全国已建立正式省党部的省份还不到40％，多数省区党部长期处于混乱失序之中。在此期间，省党部名称不断变更：救党委员会、整理委员会、改组委员会、指导委员会、维持委员会、筹备委员会、临时委员会、特别委员会、执监委员会等，名目繁多。蒋介石对此曾深有感慨地说：“中下级党部本为本党的基础……而今则朝易其人，暮更其名，不足则更互相抵拒破坏，使党外民众见之目眩，党内同志闻之痛心！”
清党以前，国民党将自身组织的涣散归咎于共产党分化所致，以为将共产党清除后，国民党的组织即会趋于严密。孰料清党以后，纠纷有增无减。“在未分共以前的计划，只想把党的精神、党的组织权力作一整个的振刷运动。谁知分共以后，党的纠纷更多，党的威信尤见低落”。“自从清党以后……党的组织反日益涣散，党员不受党的支配，不受纪律的制裁……因之党的组织乃愈来愈涣散而几乎看不见党的整个行动和整个意志的表现”。“清党以后，共产党固然清了出去，但是党的纪律也似乎清除了。”这一局面正是清党逆淘汰的结果。
